Rubriky
• genetika • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Podrobně popsaný případ reinfekce (včetně analýzy genomu) a opakovaného onemocnění COVID19 z USA

Autoři popisují případ reinfekce s těžkým průběhem druhé infekce u 29 letého muže z Nevady, USA. Odstup obou onemocnění byl 48 dní. Druhá infekce byla kmenen SARS-CoV2 s odlišným genomem. Mezi oběma variantami bylo zaznamenáno více než 10 mutací SNVs (single nucleotide variants) a několik dalších odlišností.

Rubriky
• imunitní a hematopoetický systém • plíce • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Závažný průběh pneumonie mají nemocní s autoprotilátkami proti interferonům I

Mezinárodní skupina více než 70 autorů publikovala v časopise Science 24.9.2020 článek o přítomnosti autoprotilátek IgG proti interferonu typu I minimálně u 10 % nemocných, u kterých infekce SARS-CoV2 proběhla formou těžké pneumonie. U 101 z 987 analyzovaných nemocných s život ohrožujícím průběhem COVID19 byly přítomné protilátky proti některému ze tří podtypů interferonu I. typu. Současně tento typ protilátek nebyl prokázán ani u jediného nemocného z 663 jedinců s
asymptomatickým průběhem nebo s mírnou infekce SARS-CoV-2. U zdravých jedinců byly protilátky nalezeny jen u 4 z 1227 vyšetřených.

Jedná se o tzv. fenokopii vrozených poruch imunity v systému interferonů, tedy poruchu, která mimikuje vrozenou, geneticky podmíněnou chybu v produkci interferonů typu I. Neutralizační protilátky proti interferonům mohou vést ke stejnému funkčnímu důsledku, jako když se interferony netvoří na základě genetických mutací (proto označení „fenokopie“). U zkoumané sestavy pacientů s COVID19 pneumonií ve věku 25-87 let mělo neutralizační protilátky proti interferonům 12,5 % vyšetřených mužů a 2,6 % žen. Přítomnost autoprotilátek proti interferonům se nemusí klinicky projevit, dokud se pacient nesetká s určitým typem virové infekce.

Význam interferonů I. typu v obraně proti COVID19 dokladuje i další publikace z časopisu Science, v níž táž skupina autorů identifikovala genetické mutace typu „ztráta funkce genu“ – „loss of function“ v oblasti molekul zodpovědných za produkci interferonů I. typu u 3,5% ze 659 vyšetřených nemocných s těžkou pneumonií, a to autosomálně recesivního či dominantního typu dědičnosti. I tyto vrozené poruchy se mohou za života jedince projevit jen při expozici určitém druhu virových infekcí, např. tedy právě SARS-CoV-2.

Rubriky
• ostatní • populárně naučné - nerecenzované • pro neodbornou veřejnost česky • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Interaktivní graf popisující klady a zápory testů protilátek COVID-19 na stránkách British Medical Journal

https://www.bmj.com/content/370/bmj.m3325

Rubriky
• incidence, mortalita • karanténa • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

COVID-19: Odhad rizika

Článek vydaný v Journal of Chemical Health and Safety komplexně shrnuje doposud známá fakta o viru SARS-Cov-2 a onemocnění COVID-19. Srovnává některé vlastnosti viru s jinými viry, jako je například SARS-CoV-1 způsobující onemocnění SARS, MERS-CoV způsobující onemocnění MERS nebo Influenza A, která je původcem chřipky. Věnuje se infekčním dávkám, nakažlivosti onemocnění, schopnosti viru setrvávat v životaschopném stavu v prostředí a smrtností onemocnění. Zabývá se možnostmi eliminace rizika nákazy a testováním. Popisuje také epidemiologickou situaci v USA a porovnává vývoj se situací v jiných státech. Uvádí některé konkrétní zdokumentované případy tzv. superšiřitelů a hromadných přenosů na veřejných akcích.

Některá zajímaví fakta z článku podložená citacemi vědeckých prací jsou uvedena níže:

Vylučování viru do dýchacích cest u nakaženého člověka nastává asi 2,5 dne před vznikem příznaků. Vrcholí 0,6 dne před vznikem příznaků.

Reprodukční číslo (počet lidí, které jeden nemocný nakazí) bylo při epidemii v Číně opraveno na 5,7, zatímco dříve bylo odhadováno jen na 2,2.

Během vzniku a šíření epidemie v Číně nebyla většina případů onemocnění zdokumentována. Za většinu přenosů byli zodpovědní asymptomatičtí nemocní.

Stabilita viru SARS-Cov-1 v prostředí je podobná jako u viru SARS-Cov-2, což značí, že stabilita viru není příčinou rapidního rozvoje pandemie COVID-19 ve srovnání s onemocněním SARS.

V samotném závěru článku autor poukazuje na to, že čas, který jsme od doby vzniku onemocnění jako SARS a MERS měli, jsme efektivně nevyužili k přípravě na další epidemie.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7216769/

Rubriky
• testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Falešné negativní testy na infekci SARS-CoV-2 – Výzvy a důsledky

Autoři v článku v NEJM rozebírají problematiku senzitivity testů na přítomnost viru či zbytků jeho RNA a důsledky při senzitivitě nižší než 100 %.

Rubriky
• karanténa • pro neodbornou veřejnost česky • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Přežívání viru ve vzduchu v kapénkách vzniklých při řeči

Článek publikovaný ve Sborníku Národní akademie věd Spojených států amerických se zabývá možností šíření nákazy vzduchem drobnými kapénkami, které vznikají při řeči.

Je prokázáno, že ve slinách jsou částice viru SARS-CoV-2 přítomny i u asymptomatických pacientů. Autoři pomocí laseru v laboratorních podmínkách zjišťovali množství kapének, které při řeči vznikají.

Průměrně docházelo ke vzniku přibližně 1000 kapének za vteřinu. Objem kapének a jejich množství rostl s hlasitostí řeči. Velikost tvořených kapének měla vliv na délku setrvání ve vzduchu a množství virových částic v kapénce. Menší kapénky obsahují sice menší virovou nálož, ale zůstávají ve vzduchu déle. Delší setrvání kapének ve vzduchu umocňuje zmenšení jejich objemu rychlým vypařováním tekutiny z těchto kapének.

Autoři také vypočítávají, jaká virová nálož je přítomna v jedné kapénce. Například v kapénce o velikosti 10 µm před vyschnutím je přítomna jedna virová částice s pravděpodobností 0,37 %, v kapénce o velikosti 50 µm pravděpodobnost přítomnosti jedné virové částice je již vyšší, a to 37 %.

Autoři odhadují, že při řeči vzniká za vteřinu nejméně 1000 kapének obsahujících virové částice, které zůstávají v neproudícím vzduchu při pokojové teplotě a nízké relativní vlhkosti více než 8 minut.

Rozdílem od běžného života je provedení testu v laboratorních podmínkách při absenci proudění vzduchu. Test byl prováděn při nízké relativní vlhkosti vzduchu, která má vliv na zrychlení vysychání kapének, a tím na delší setrvání kapének ve vzduchu. Drobným rozdílem od našich podmínek může být i fakt, že zkoumána byla anglická věta: „Stay healthy.“, kde právě slabika „th“, která v češtině chybí, má produkovat nejvíce kapének.

Zatím není známo, jakou virovou nálož by musel člověk vdechnout, aby virus způsobil onemocnění COVID-19. Podle názoru autorů práce ale představují tyto kapénky významnou cestu přenosu viru SARS-CoV-2. Tento názor nemají zatím vědecky potvrzen.

Práce se nezabývá vlivem používání ústenek na případné snížení virové nálože.

https://www.pnas.org/content/early/2020/05/12/2006874117

Rubriky
• ostatní • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Přednáška na téma: Laboratorní diagnostika a testování asymptomatické populace

Konference „Co víme a nevíme o COVID aneb Nemoc není politika“ 26.5.2020

Shrnuji základní metody přímého a nepřímého průkazu infekce virem SARS-CoV2. Rozebírám možné příčiny falešné negativity PCR testů a falešné pozitivity i negativity sérologické diagnostiky.

Rubriky
• imunitní a hematopoetický systém • populárně naučné - nerecenzované • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Přednáška na téma: SARS-CoV2 a imunitní systém

Konference „Co víme a nevíme o COVID aneb Nemoc není politika“ 26.5.2020

V autorském tandemu s Jaroslavem Svobodou jsme připravili souhrnný přehled specifické a nespecifické reakce imunitního systému na SARS-CoV2.

Rubriky
• ostatní • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+) • weby, portály, facebook

Facts about COVID-19 portál Evropského centra pro kontrolu a prevenci nemocí (ECDC)

Informace pro laickou i odbornou veřejnost v angličtině. Jsou zde vzory informačních letáků pro nemocné s různými typy chronických onemocnění, pro těhotné ženy atd. .. V části Disease background je podrobně popsán vlastní virus, odkazy na mapu jeho genomu, jeho sezónní šíření, typy onemocnění u různých věkových a rizikových skupin nemocných.

https://www.ecdc.europa.eu/en/novel-coronavirus/facts

Rubriky
• imunitní a hematopoetický systém • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Buněčná imunita a SARS-CoV2 – zásadní publikace

V renomovaném časopise Cells uveřejnili američtí autoři z Kalifornie, Severní Karolíny a Sinai Hospital z New Yorku článek o reakcích lidských T lymfocytů na SARS-CoV2 . V článku popisují metodiku kvantifikace množství virově specifických CD4 + a CD8 + T lymfcoytů. To poskytne poznatky o imunitě a patogenezi infekce SARS-CoV-2 pomůže navrhnout a vyhodnotit účinnost různých vakcín. Odhady imunity jsou také zásadní pro epidemiologickou kalibraci modelu budoucích sociálních distancujících opatření pro kontrolu pandemie. Modely se dramaticky liší v závislosti na tom, zda infekce SARS-CoV-2 vytváří samostatnou specifickou imunitu či zda existuje nějaká zkřížená imunita mezi SARS-CoV-2 a cirkulujícími sezónními „běžnými studenými“ lidskými koronaviry. Jedná se o 4 kmeny: HCoV-OC43, HCoV-HKU1, HCoV-NL63, a HCoV-229E.

Autoři podrobně vyšetřili 20 dospělých dobrovolníků, kteří se uzdravili po mírném průběhu COVID19, který nevyžadoval hospitalizaci.

Reakce CD4+ T lymfocytů na antigeny SARS-CoV-2: V vyšetřované sestavě byla jasná hierarchizace. Většina CD4+ T lymfocytů reagovala proti těmto antigenům: ORFs spike – 27%, M-21% a N-11% epitopům. Další CD4+ T lymfocyty, specifické pro SARS-CoV-2 reagovala na antigeny nsp3-5%, nsp4-5% a ORF8-5%. Procenta udávají relativní počet CD4+T lymfocytů reagujících na daný antigeny ze všech CD4+T lymfocytů reagujících na antigeny SARS-CoV-2. V průměru tedy 50% CD4+ T lymfocytů reagovalo na spike protein a 50% zbylé antigeny SARS-CoV-2 ORFeomu (open reading frames).

Reakce CD8+ T lymfocytů na antigeny SARS-CoV-2 byla na antigeny na výběžcích (spikes) z 26% a N protein – 12%. Významná reaktivita u 19 zkoumaných subjektů byla proti dalším antigenům: M (22%), nsp6 (15%), ORF8 (10%) a ORF3a (7%).

Autoři potvrdili též korelaci mezi titrem protilátek IgG, IgM a IgA a specifickou buněčnou odpovědí T lymfocytů CD4+ a CD8+. Čím vyšší byl titr protilátek tím lepší byla buněčná odpověď.

Autoři také detekovali T lymfocyty zkříženě reagující s non-spike antigeny SARS-CoV-2 až u 50% zdravých jedinců, kteří neprodělali COVID-19. Toto zjištění podporuje ideu, že v lidské populaci existuje  potenciál  paměťové buněčné imunity díky expozici běžným tzv. studeným koronavirům.