Teze o SARS-CoV-2 a COVID-19 a doporučená opatření
Mezioborový kolektiv autorů – infektolog, a jinak hematolog, mikrobiolog, viroložka nebo imunoložka shrnují v přehledném textu současný pohled na SARS-CoV-2 a COVID-19 a doporučená opatření.
text je též na adrese https://smis-lab.cz/2021/10/26/teze-o-sars-cov-2-a-covid-19-a-doporucena-opatreni/
Kolektiv slovenských autorů popsal varianty několika podtypů koronaviru častěji cirkulujících ve střední Evropě. Jedná se nejen o podtypy B.1.1.7 popsaný v Británii a v JAR, ale nověji též o podtyp B.1.258 s delecí v oblasti genomu ∆H69/∆V70 (tato delece je společná s britskou mutací B.1.1.7), která popisuje konečnou část spike proteinu (S proteinu). Dle autorů je tato varianta podtypu B.1.258 více infekční a snáze uniká imunitnímu systému a proto ji navrhují odlišit i názvem jako B.1.258Δ.
Autoři popisují, proč je snadná záměna mezi oběma podtypy při detekci pomocí některých komerně dostupných kitů RT-qPCR, které se zaměřují jen na oblast delece 69-70, a uvádějí, že pro specifické odlišení mutace B.1.258Δ od B.1.1.7 je potřeba použít další genové markery. Nově popisovaná varianta s poměrně vysokou prevalencí (autoři odhadují nad 10 %) byla již popsána v těchto zemích: v České republice, Švédsku, na Slovensku, v Polsku, Dánsku a Rakousku. V detekovaných vzorcích byl test RT-qPCR pozitivní již při nižším čísle Ct než u jiných podtypů, což odpovídá velké virové náloži u zkoumaných subjektů a tento jev byl zaznamenán i u podtypu B.1.1.7 a jeho variant.
Odkaz na tuto práci na webu Cornellovy univerzity (preprint, který zatím neprošel standardním recenzním řízením) je z 9.2.2021 https://arxiv.org/abs/2102.04689 a text je též v příloze.
Předběžné výsledky studie Siren, která proběhla mezi zdravotnickým personálem NHS v UK mezi 18. červnem a 24. listopadem 2020 byly publikovány v BJM. Studie zahrnula 20 787 osob (84% žen, 88% bílých, střední věk 45,9), z nichž 6614 (32%) bylo zařazeno do pozitivní kohorty a 14 173 (68%) do negativní kohorty.
V pozitivní kohortě bylo zachyceno 44 potenciálních reinfekcí , 15 (34%) z nich bylo symptomatických. Bylo potvrzeno 42 ze 44 (dva pozitivní vzorky PCR s odstupem 90 nebo více dnů nebo nový pozitivní PCR
alespoň čtyři týdny po pozitivním výsledku testu na protilátky) a dvě reinfekce byly definovány jako pravděpodobné.
Toto bylo srovnáno s s 318 nově zachycenými PCR pozitivními infekcemi v negativní kohortě. 249 z 318 nově zachycených PCR pozitivit bylo symptomatických.
Autoři vypočítali, že upravený poměr šancí byl 0,17 u všech reinfekcí (95% interval spolehlivosti) ve srovnání s primárními infekcemi potvrzenými PCR, což odpovídá 83% ochraně. Střední interval mezi primární infekcí a reinfekcí byl více než 160 dnů.
Pokud hodnotíme pouze symptomatické případy s pozitivním PCR testem, pak snížila předchozí infekce pravděpodobnost reinfekce nejméně o 90%.
O spolehlivosti PCR testů, její závislosti na počtu cyklů CT jsme informovali s uvedením 6 zahraničních zdrojů zde.
Nyní uvádím odkaz na výborný rozbor této problematiky v češtině.
Onemocnění COVID-19 mělo a má významný vliv na lidské zdraví na globální úrovni, postihlo velké množství lidí, způsobilo závažná onemocnění spojená s dlouhodobými zdravotními dopady, zapříčinilo úmrtí a nadměrnou úmrtnost především mezi lidmi vysokého věku a zranitelnými jedinci, přerušilo poskytování běžné zdravotnické péče, narušilo cestování, obchod, vzdělávání a další společenské aktivity a v širším kontextu mělo negativní vliv na fyzické a duševní zdraví.
Mutace genu kódující tzv. spike protein se objevila již na přelomu ledna a února 2020 a během několika měsíců nahradila původní kmen SARS-CoV-2 nalezený v Číně, a v období června 2020 již tvořila tato varianta globálně dominující formu viru. Studie prokázaly, že je tato varianta více infekční a snadněji se šíří. Na druhou stranu nezpůsobuje více závažná onemocnění, nemá vliv na efektivitu laboratorního testování, léčbu, vakcinaci a nevyžaduje odlišná preventivní opatření.
Varianta nalezená v Dánsku v srpnu a září 2020 u norků chovaných na farmách, která byla později přenesena i na člověka, dostala označení Cluster 5. Jednalo se o kombinaci do té doby nepopsaných mutací. U této formy panovaly obavy, že by mohla mít vliv na snížení imunitní ochrany po prodělané infekci nebo očkování. Studie v tomto směru ještě probíhají. Dánské úřady identifikovaly doposud pouze 12 případů nákaz člověka a nezdá se, že by se tato forma výrazně šířila.
SARS-CoV-2 VOC 202012/01 (Variant of Concern, year 2020, month 12, variant 01) je varianta hlášená úřady ve Spojeném království 14. prosince 2020. Varianta obsahuje změny ve 23 nukleotidech a nesouvisí vývojově s formou SARS-CoV-2 tou dobou cirkulující ve Velké Británii. Kde a jak tato varianta vznikla není jasné. Původně byla objevena v jižní Anglii a během několika týdnů začala nahrazovat ostatní formy viru jak v jižní Anglii, tak v Londýně. 26. prosince byla tato varianta zaznamenána napříč Spojeným královstvím. Podle prvotních analýz se varianta VOC 202012/01 snadněji přenáší, ale způsobuje onemocnění stejné závažnosti. Jedna z forem mutací VOC 202012/01 (69/70del) má vliv na PCR diagnostiku (test prokazující přítomnost genu S), ale většina celosvětově používaných testů PCR není touto formou ovlivněna. Mutace nemá významný dopad na antigenní testování. Ke 30. prosinci 2020 byla identifikovaná přítomnost VOC 202012/01 v pěti z celkových šesti světových regionů WHO.
Úřady v Jihoafrické republice ohlásily 18. prosince 2020 objev nové varianty SARS-CoV-2, která se rychle šířila ve třech provinciích. Varianta dostala označení podle mutace N501Y a nese název N501Y.V2. U varianty nalezené ve Spojeném království byla popsána sice také mutace N501Y, ale vývojová analýza virů potvrzuje, že se jedná o dvě odlišné varianty. Varianta N501Y.V2 začala v Jihoafrické republice rychle nahrazovat jiné formy viru. Byla u ní zjištěna vyšší virová nálož u nemocných.
Každý virus, SARS-CoV-2 nevyjímaje, mutuje. Některé z mutací mohou přinášet zvýšenou nakažlivost viru nebo jiný průběh onemocnění. Četnost mutací je přímo úměrná počtu nákaz člověka a zvířat. Proto snížení počtu přenosů vede zároveň i ke snížení počtu mutací.
Varianta VOC 202010/01 vedla ke zvýšení reprodukčního čísla ve Velké Británii a varianta 501Y.V2 rychle nahradila jiné formy viru v Jihoafrické republice. Předběžné studie prokázaly, že je varianta 501Y.V2 spojena s vyšší virovou náloží. První poznatky dále ukazují, že tyto varianty nemají vliv na charakter klinických projevů onemocnění a jejich tíži. Přesto vyšší počet nákaz znamená i vyšší počet hospitalizací a úmrtí.
WHO ve světle nových událostí doporučuje posílení zavedených opatření včetně epidemiologického sledování a strategického testování, trasování kontaktů, sledování ohnisek a zlepšení protiepidemických opatření k zamezení šíření koronaviru.
WHO nabádá země k systematickému sekvenování virů SARS-CoV-2 a sdílení výsledků.
V krátkém a přehledném příspěvku, publikovaném 13.10. 2020 na stránkách Americké asociace pro klinickou biochemii /aacc.org/ rozbebírá v článku s 6 citacemi S.S. Levinson důvody a příčiny falešně pozitivních výsledků testů RT-PCR. Je to téma stále častěji diskutována i v dalších článcích i na dalších webech.
Levinsonem uváděné důvody jsou:
Velké množství testů je prováděno jako screening ne jako diagnostické vyšetření probíhajícího onemocnění. Proto je prevalence relativně nízká.
Jedním ze způsobů, jak snížit falešně pozitivní výsledky, je opakovat PCR test s použitím testu v jiném formátu (od jiného výrobce). Bohužel kvůli omezenému počtu laboratoří a též z ekonomických důvodů se rutinně neprovádí potvrzení druhým testem rRT-PCR. Je proto pravděpodobné, že při současné aktivní prevalenci onemocnění jsou pozitivní výsledky rRT-PCR u mnoha „asymptomatických“ osob falešně pozitivní. Též viz
Z hlavní negativní důsledky falešeně pozitivního testu považuje autor negativní psychologické důsledky toho, že si člověk myslí, že je nakažen, když není, ale především možnost, že některé osoby s onemocněním jiným než COVID-19, které mají falešně pozitivní nálezy, mohou být hospitalizovány s pacienty s COVID-19 a následně opravdu infikovány.
Toté téma je diskutováno v poslední době nejen v odborné tisku /viz Lancet respiratory/, ale též ve věckých rubrikách denního tisku /např. v New York Times/. Falešně pozitivní výsledky, které představují desetinny procenta jsou při masovém testování velké absolutní číslo, protože jde o podíl z velkého počtu negativně testovaných (true negative).
Na vládním webu Spojeného království (https://www.gov.uk/government/publications/gos-impact-of-false-positives-and-negatives-3-june-2020) je též podrobné stanovisko k falešně pozitivním a falešně negativním PCR testům, jejich možným příčinám a vlivu na celkovou epidemiologickou situaci a lokální lockdowny v UK z července 2020. (Paper prepared by the Government Office for Science (GOS) for the Scientific Advisory Group for Emergencies (SAGE)). To je poslední pdf k této problematice.
Autor Andrew N. Cohen, PhD z Kalifornie „False Positives in PCR Tests for COVID-19“ se tomuto tématu věnuje ve třech krátkých příspěvcích z litopadu 2020 na webu https://www.icd10monitor.com/impacts-of-false-positive-results-in-covid-19-tests a odkazuje v nich též na článek, který je v recenzním řízení.
Zajímavá je též diskuze pod webovým článkem s názvem “The false-positive PCR” problem is not a problem“, která je na stránkách australského virologa pod jeho rozborem této problematiky. Tento autor, jak již z názvu vyplývá, tvrdí, že falešně pozitivní RT-PCR výsledky sice exitují, ale v klinické praxi nepředstavují reálný problém. (https://virologydownunder.com/the-false-positive-pcr-problem-is-not-a-problem/ ). Všichní předchozí autoři jej za problém považuji.
Na prosincové předvánoční schůzi České statistické společnosti (https://www.statspol.cz/o-nas/) zazněla, kromě jiných (https://www.statspol.cz/konference/mikulassky-den/) i velmi pěkná kritická přednáška Tomáše Fürsta z katedry matematické analýzy a aplikací matematiky Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci a z Centra pro bayesovskou inferenci 4BIN (https://www.4bin.org/). Bayesovská statistika pracuje s podmíněnými pravděpodobnostmi a dovoluje zpřesňovat pravděpodobnost výchozí hypotézy, jak se objevují další relevantní skutečnosti.
Autor ve své přednášce odlehčeným převánočním stylem upozorňuje na stále nedostatečně definované pojmy a kategorie používané při popisu statistických dat sbíraných v průběhu epidemie COVID-19 v ČR. Kromě jiného upozorňuje na problematiku týkající se senzitivity a specificity PCR testů a na mnoho dalších možných zdrojů chyb, které pak následně zpochyňují závěry a rozhodnutí z nich vycházející. Dále upozorňuje na chybějící dostupnost zdrojových dat pro analýzu prováděnou mimo ÚZIS a Ministerstvo zdravotnictví a jiné problematické oblasti hodnocení při hodnocení pandemie.
Autor též uvádí jednotlivá jména vědců spolupracujících s establishmentem, kteří dle jeho názoru bez jasných důkazů vyvozují a v mediích prezentují chybné závěry, které nejsou založené na důkazech („evidence based“) a nejsou podložené věrohodnou statistickou analýzou. Chovají se nezodpovědně nejen tím, že matou veřejnost, ale diskreditují tak celou vědeckou obec.
Na základě osobní zkušenosti popisuji odběr vzorku pro RT-PCR vyšetření prováděný vyšetřovanou osobou, ve Švédsku, v kraji Västerbotten.
Na mnoha místech je možné si bezplatně vyzvednete odběrový set, nebo set pro nemocného vyzvedne kdokoli jiný. Tento set s skláddá z odběrové štětičky ve zkumavce, z malého čtverce buničiny a pouzdra, ve kterém je malé zkumavka s roztokem. K tomu dostanete návod buď v angličtině (viz přiložný pdf návod) nebo ve švédštině .
Na velmi jednoduchých webových stránkách – https://direkttest.se/ se dvěma tlačítku registruj odebraný vzorek a přečti si výsledek a pdf návodem v elektronické formě pak odebraný vzorek zaregistrujete. K registraci i k následnému zobrazení výsledku je využíván mobilní telefon a aplikace Mobil Bank ID. Tato aplikace a ověřovací procedura je navázána na Vaše rodné číslo a bankovní účet.
Tedy klient nemusí absolvovat žádné fronty v rozestupech a dlouhé čekání. Nejsou též nutní zdravotníci ve skafandrech, kteří jen celou směnu zastrkují špejle do nosu či úst. A v těchto skafandrech vypisují identifikační údaje, čtou OP a případně vyřizují platby. Odpadá tak riziko infekce jak pro čekající – Vaše sousedy ve frontě, tak pro zdravotníky, náklady na mzdu zdravotníků i na čas náročné pořizování záznamu. Odpadají tak i chyby z únavy při odběru či chybně zapsaný email nebo mobilní telefon.
Také lze předpokládat, že člověk odebírající vzorek sám sobě, vše provádí pečlivěji, beze spěchu, únavy a stressu z dlouhého čekání. Vzorek se odebírá z nosohltanu a současně se štětička ještě namáčí do slin na dodané buničině. Poté se ihned vata na konci odběrové sondy dává do média ve zkumavce. Ta se uzavře do dvojitého sáčku s plastikovými zipy
Pro zjištění výsledku kontrolujete sms a pro vytištění použijete stejnou webovou stránku a stejnou aplikaci pro ověření identity. Výsledek pak můžete stáhnout jako pdf dokument ve švédštině či angličtině.
V červenci jsem absolvoval jako samoplátce též odběr na téměř prázdném letišti Václava Havla,. Byli jsem tehdy ve frontě pouze tři, čekací doba byla 45 minut a nejvíce času pro pracovníky laboratoře zabralo vyplňování a platba. Jistě byl celodenní pobyt v skafandru pro pracovníky laboratoř velmi namáhavý a při srovnání se samoodběrem v podstatě zbytečný. Švédská možnost samoodběru je mnohem jednodušší, levnější a pro klienty mnohem příjemnější. Pokud si ani po přečtění návodu není klient jisté postupem, je na youtube několik verzí videí o celém postupu.
Prof. Ioannidis publikoval další 27 stránkový bulletin WHO, týkající se článků na téma seroprevalence s velikostí zkoumaného vzorku nad 500 odevzdané k publikace k 9. září 2020. Do rozboru zařadil i výsledky národních studií. Publikace posuzuje dle odhadů séroprevalence, pro každou práci odhaduje míru úmrtnosti na infekci vydělením počtu úmrtí na COVID-19 počtem lidí, u nichž se odhaduje, že jsou/budou nakaženi.
Výsledky získal analýzou 61 článků a osmi předběžných národních odhadů. Odhady séroprevalence se pohybovaly od 0,02% do 53,40%. Míra úmrtnosti na infekci se pohybovala od 0,00% do 1,63%, resp. po korekci od 0,00% do 1,54%.
Na 51 místech byla střední míra úmrtnosti na infekci COVID19 0,27% (korigováno 0,23%): 0,09% – v lokalitách s < 118 úmrtí / milion)
0,20% – v lokalitách s 118–500 úmrtími COVID-19 / milion lidí
0,57% v lokalitách s> 500 úmrtími COVID-19 / milion lidí.
U lidí < 70 let se míra úmrtnosti na infekci pohybovala od 0,00% do 0,31% s hrubým a korigovaným mediánem 0,05%.
U mnoha různých virových infekcí koreluje ochrana specifickými protilátkami získanými očkováním nebo přírodní infekcí s nízkým rizikem (re) infekce. Příkladem je inhibice hemaglutinace ur viru chřipky, kde titr 1:40 snižuje riziko nakažení o 50%. Podobné titry pro virus spalniček (titr ID50 1: 120), hepatitidu A, virus hepatitidy B a mnoho dalších (15). Tyto titry významně usnadnily vývoj vakcíny. Pro některé viry a vakcíny je známá i kinetika protilátkové odpovědi, což umožňuje přesnou předpověď, jak dlouho ochrana vydrží.
Proto se autoři z nemocnice Mount Sinai rozhodli testovat přítomnost protilátek a též jejich množství v čase pomocí ELISA testů (an enzyme-linked immunosorbent assay). Mezi březnem a říjnem 2020 bylo v této nemocnici vyšetřeno více než 30 tisíc nemocných, kteří prodělali infekci SARS-CoV2. U 30 082 pozitivních vzorků mělo: 690 (2,29%) titr 1:80; 1453 (4,83%) 1: 160; 6765 (22,49%) 1: 320; 9564 (31,79%) 1: 960; a 11610 (38,60%) 1: 2880. Drtivá většina pozitivních jedinců tedy měla středně vysoké až vysoké titry protilátek proti proteinů (spikům) na povrchu viru.
Stabilita titrů sérových v čase protilátek proti spike proteinu byla podrobněji sledována u 121 dárců plazmy, kteří byli poprvé vyšetřeni cca 30. den po nástupu příznaků a dále po 82 dnech od počáteční příznaků (rozmezí 52 až 80 dnů) a 148 dnů po nástupu příznaků (rozmezí 113 až 186 dnů). Tyto titry jsou relativně stabilní po dobu alespoň 5 měsíců. Jedinci s nízkými úvodními titry protilátek mají relativně rychlejší pokles jejich titru.