Rubriky
• genetika • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Více infekční mutace koronaviru SARS-Cov2 vyskytující se častěji v ČR a na Slovensku

Kolektiv slovenských autorů popsal varianty několika podtypů koronaviru častěji cirkulujících ve střední Evropě. Jedná se nejen o podtypy B.1.1.7 popsaný v Británii a v JAR, ale nověji též o podtyp B.1.258 s delecí v oblasti genomu ∆H69/∆V70 (tato delece je společná s britskou mutací B.1.1.7), která popisuje konečnou část spike proteinu (S proteinu). Dle autorů je tato varianta podtypu B.1.258 více infekční a snáze uniká imunitnímu systému a proto ji navrhují odlišit i názvem jako B.1.258Δ.

Autoři popisují, proč je snadná záměna mezi oběma podtypy při detekci pomocí některých komerně dostupných kitů RT-qPCR, které se zaměřují jen na oblast delece 69-70, a uvádějí, že pro specifické odlišení mutace B.1.258Δ od B.1.1.7 je potřeba použít další genové markery. Nově popisovaná varianta s poměrně vysokou prevalencí (autoři odhadují nad 10 %) byla již popsána v těchto zemích: v České republice, Švédsku, na Slovensku, v Polsku, Dánsku a Rakousku. V detekovaných vzorcích byl test RT-qPCR pozitivní již při nižším čísle Ct než u jiných podtypů, což odpovídá velké virové náloži u zkoumaných subjektů a tento jev byl zaznamenán i u podtypu B.1.1.7 a jeho variant.

Odkaz na tuto práci na webu Cornellovy univerzity (preprint, který zatím neprošel standardním recenzním řízením) je z 9.2.2021 https://arxiv.org/abs/2102.04689 a text je též v příloze.

Rubriky
• genetika • imunitní a hematopoetický systém

Další varianty – mutace SARS-CoV2

Zpráva úřadu pro veřejné zdraví v UK ze 14.1.2021 ohledně četnosti variant SARS-CoV2 s aktualizací k 26.1..

Podrobný popis variant a mutací je na našem webu zde

https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/957504/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_5_England.pdf

Rubriky
• genetika • incidence, mortalita, statistické analýzy • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Varianty SARS-CoV-2 – aktuální zpráva WHO

Onemocnění COVID-19 mělo a má významný vliv na lidské zdraví na globální úrovni, postihlo velké množství lidí, způsobilo závažná onemocnění spojená s dlouhodobými zdravotními dopady, zapříčinilo úmrtí a nadměrnou úmrtnost především mezi lidmi vysokého věku a zranitelnými jedinci, přerušilo poskytování běžné zdravotnické péče, narušilo cestování, obchod, vzdělávání a další společenské aktivity a v širším kontextu mělo negativní vliv na fyzické a duševní zdraví.

D614G

Mutace genu kódující tzv. spike protein se objevila již na přelomu ledna a února 2020 a během několika měsíců nahradila původní kmen SARS-CoV-2 nalezený v Číně, a v období června 2020 již tvořila tato varianta globálně dominující formu viru. Studie prokázaly, že je tato varianta více infekční a snadněji se šíří. Na druhou stranu nezpůsobuje více závažná onemocnění, nemá vliv na efektivitu laboratorního testování, léčbu, vakcinaci a nevyžaduje odlišná preventivní opatření.

Cluster 5

Varianta nalezená v Dánsku v srpnu a září 2020 u norků chovaných na farmách, která byla později přenesena i na člověka, dostala označení Cluster 5. Jednalo se o kombinaci do té doby nepopsaných mutací. U této formy panovaly obavy, že by mohla mít vliv na snížení imunitní ochrany po prodělané infekci nebo očkování. Studie v tomto směru ještě probíhají. Dánské úřady identifikovaly doposud pouze 12 případů nákaz člověka a nezdá se, že by se tato forma výrazně šířila.

VOC 202012/01

SARS-CoV-2 VOC 202012/01 (Variant of Concern, year 2020, month 12, variant 01) je varianta hlášená úřady ve Spojeném království 14. prosince 2020. Varianta obsahuje změny ve 23 nukleotidech a nesouvisí vývojově s formou SARS-CoV-2 tou dobou cirkulující ve Velké Británii. Kde a jak tato varianta vznikla není jasné. Původně byla objevena v jižní Anglii a během několika týdnů začala nahrazovat ostatní formy viru jak v jižní Anglii, tak v Londýně. 26. prosince byla tato varianta zaznamenána napříč Spojeným královstvím. Podle prvotních analýz se varianta VOC 202012/01 snadněji přenáší, ale způsobuje onemocnění stejné závažnosti. Jedna z forem mutací VOC 202012/01 (69/70del) má vliv na PCR diagnostiku (test prokazující přítomnost genu S), ale většina celosvětově používaných testů PCR není touto formou ovlivněna. Mutace nemá významný dopad na antigenní testování. Ke 30. prosinci 2020 byla identifikovaná přítomnost VOC 202012/01 v pěti z celkových šesti světových regionů WHO.

501Y.V2

Úřady v Jihoafrické republice ohlásily 18. prosince 2020 objev nové varianty SARS-CoV-2, která se rychle šířila ve třech provinciích. Varianta dostala označení podle mutace N501Y a nese název N501Y.V2. U varianty nalezené ve Spojeném království byla popsána sice také mutace N501Y, ale vývojová analýza virů potvrzuje, že se jedná o dvě odlišné varianty. Varianta N501Y.V2 začala v Jihoafrické republice rychle nahrazovat jiné formy viru. Byla u ní zjištěna vyšší virová nálož u nemocných.

Posouzení míry rizika

Každý virus, SARS-CoV-2 nevyjímaje, mutuje. Některé z mutací mohou přinášet zvýšenou nakažlivost viru nebo jiný průběh onemocnění. Četnost mutací je přímo úměrná počtu nákaz člověka a zvířat. Proto snížení počtu přenosů vede zároveň i ke snížení počtu mutací.

Varianta VOC 202010/01 vedla ke zvýšení reprodukčního čísla ve Velké Británii a varianta 501Y.V2 rychle nahradila jiné formy viru v Jihoafrické republice. Předběžné studie prokázaly, že je varianta 501Y.V2 spojena s vyšší virovou náloží. První poznatky dále ukazují, že tyto varianty nemají vliv na charakter klinických projevů onemocnění a jejich tíži. Přesto vyšší počet nákaz znamená i vyšší počet hospitalizací a úmrtí.

Doporučení WHO

WHO ve světle nových událostí doporučuje posílení zavedených opatření včetně epidemiologického sledování a strategického testování, trasování kontaktů, sledování ohnisek a zlepšení protiepidemických opatření k zamezení šíření koronaviru.

WHO nabádá země k systematickému sekvenování virů SARS-CoV-2 a sdílení výsledků.

Doporučení ohledně cestování

  • Lidé s potvrzenou nákazou nebo podezřením, a jejich kontakty, by neměly cestovat.
  • Osoby s jakýmikoliv příznaky onemocnění by neměly cestovat, pokud laboratorní testy nevyloučily COVID-19.
  • Osoby, které se necítí dobře, by měly cestování odložit.
  • Lidé s rizikem závažného průběhu nákazy, tj. osoby nad 60 let nebo osoby s komorbiditami (např. onemocnění srdce, rakovina, cukrovka) by měly cestování odložit.
  • Osoby žijící v oblastech, kde byla zavedena komunitní karanténní opatření, by neměly cestovat v jiných než nezbytně nutných případech.

WHO | SARS-CoV-2 Variants

Rubriky
• genetika • incidence, mortalita, statistické analýzy • věkové skupiny

Komplikace onemocnění COVID-19 v těhotenství

Studie Světové asociace perinatální medicíny zkoumala vliv infekčního onemocnění COVID-19 na těhotné a novorozence. Do studie se mezi 1. únorem a 30. dubnem 2020 a zapojilo 73 center z 22 zemí světa. Ve zkoumané kohortě bylo 388 těhotných matek s pozitivním testem RT-PCT na SARS-CoV-2.

Výsledky studie

43 z 388 (11,1 %) vyžadovalo intenzivní péči a 36 (9,3 %) umělou plicní ventilaci. 3 z 388 (0,8 %) matek zemřelo.

V době analýzy dat studie bylo 122 z 388 žen stále ještě těhotných. Ze zbývajících 266 těhotných porodilo živé dítě 251 matek (94,4 %). Předčasný porod před 37. týdnem gestačního stáří byl zaznamenán u 70 z 266 matek (26,3 %), z nich čtyři pětiny bylo indukováno a jedna pětina nastala spontánně. Šest matek porodilo mrtvý plod.

Z 251 živě narozených dětí zemřelo 5 novorozenců (2,0 %). Pouze u jednoho živě narozeného dítěte z 251 (0,4 %) byla prokázána pozitivita RT-PCR. Dítě bylo asymptomatické

Z 266 dokončených těhotenství byla zaznamenána perinatální úmrtnost 4,1% (porod mrtvého plodu + úmrtí dítěte do jednoho týdne věku), kdy 10 matek mělo klinické projevy COVID-19 v době příjmu a jedna byla asymptomatická.

Nezávislými prediktory těžkého průběhu (přijetí na JIP, nutnost použití umělé plicní ventilace nebo úmrtí) byly:
  •  symptomy infekce COVID-19 v době příjmu oproti ženám bez symptomů (aOR 5,11; 95% CI 1,11-23,6)
  • dušnost v době příjmu (aOR 3,68; 95% CI 1,58-8,58)
  • zvýšená hladina laktát dehydrogenázy (LDH) (aOR 4,13; 95% CI 1,54-11,1)

Slabé stránky studie

Slabou stránkou retrospektivní studie bylo to, že nebyla randomizovaná a neměla kontrolní skupinu. Zkoumanou populaci tvořily především ženy s podezřením na onemocnění COVID-19, a tím pádem v ní bylo nízké zastoupení asymptomatických pacientek. Další limitací je fakt, že analýza byla provedena pouze ve vysokopříjmových a středněpříjmových zemích.

Implikace práce

Fyziologické adaptační procesy v těhotenství představují riziko závažnějšího průběhu virové pneumonie s vyšším rizikem úmrtí a nemocnosti matky, jako je tomu u chřipky nebo planých neštovic.

Doposud publikovaná data ukazují relativně vysoké riziko předčasného porodu u COVID-19 nemocných matek, ale nepřináší důkaz vertikálního přenosu (přenos z matky na dítě) ani zvýšeného rizika úmrtí matky. Ve zkoumané kohortě byla popsána tři úmrtí symptomatických pacientek (0,8 %). Smrtnost během epidemie španělské chřipky byla pro srovnání odhadována na 3% v normální populaci a na 37 % u těhotných.

Další informace

Ve studii jsou dále uvedena detailní demografická data, přehled symptomů, laboratorních nálezů a informace o farmakologické léčbě nemocných.

https://obgyn.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/uog.23107

Rubriky
• CNS • CT, rtg, sono a MR • genetika • léčba, léky, ostatní • ledviny • plíce

Doporučení = guidelines léčby COVID19

https://www.covid19treatmentguidelines.nih.gov/

Aktuální přehled doporučení léčby COVID19 v 215 stránkové publikaci opakovaně zveřejňují američtí autoři – panel vedou dva lékaři z NIH, Bethesda a jeden lékař z Weill Cornell Medicine, NY. Celkem se na publikaci podílí dalších 30 vysoce erudovaných lékařů z amerických univerzit a výzkumných institucí. Předposlední update byl proveden 9.10.2020, poslední 22.10.2020. Byla doplněna sekce „Therapeutic management“ s podrobnější diskuzí k indikaci podávání a k dávkování remdesviru a dexamethasonu a sekce o léčbě HIV+ pacientů s infekcí COVID19 a sekce „COVID a influenza“

V sekci klinických příznaků byla doplněna data a doporučení k léčbě perzistujících obtíží po prodělané infekci. V sekci léčby těžce nemocných (critically ill) byly doplněny podsekce „Sedation management“ a „Post-Intesive Care Syndrom“. Na konci každé sekce je uvedeno mnoho zdrojové literatury s elektronickými odkazy.

Rubriky
• genetika • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Podrobně popsaný případ reinfekce (včetně analýzy genomu) a opakovaného onemocnění COVID19 z USA

Autoři popisují případ reinfekce s těžkým průběhem druhé infekce u 29 letého muže z Nevady, USA. Odstup obou onemocnění byl 48 dní. Druhá infekce byla kmenen SARS-CoV2 s odlišným genomem. Mezi oběma variantami bylo zaznamenáno více než 10 mutací SNVs (single nucleotide variants) a několik dalších odlišností.

Rubriky
• genetika • pro neodbornou veřejnost

Původ viru SARS-CoV-2

Virus SARS-CoV-2 je sedmým známým coronavirem, který vyvolává onemocnění u člověka. Některé coronaviry způsobují jen lehká onemocnění (viry HKU1, NL63, OC43 and 229E), jiné způsobují onemocnění s těžším průběhem (SARS-CoV, MERS-CoV a SARS-CoV-2).

Objevují se různé teorie o původu tohoto zatím posledního coronaviru SARS-CoV-2. V článku, který byl zveřejněn v časopise Nature Medicine, popisují vědci nejpravděpodobnější scénáře vzniku viru založené na analýze jeho genetického materiálu (genomu) a biochemických experimentech.

Virus SARS-CoV-2 má vysokou afinitu (ochotu se vázat) k receptorům ACE2. Receptory ACE2 se nachází v těle člověka, ale taky koček a některých dalších zvířat. Tato vazba viru k receptoru ACE2 je nutná k proniknutí virových částic do buňky hostitele. Počítačové analýzy, které umí vědci vytvořit, ale předpovídají spíše slabou interakci mezi tímto konkrétním virem a lidským receptorem ACE2. Je proto nepravděpodobné, že by virus vzniknul účelovou manipulací genomu, protože tato forma viru neměla být vhodná k vazbě na receptor. Vysoká afinita viru SARS-CoV-2 je tak podle vědců velmi pravděpodobně důsledkem přírodního výběru.

První teorie

První teorií vzniku je přírodní výběr proběhlý u zvířete s následným přenosem již „hotového“ viru na člověka. Vzhledem k tomu, že většina prvních případů byla vázána na trh Huanan ve Wuhanu v Číně, je pravděpodobné, že nějaký zvířecí zdroj byl na tomto místě přítomen. Virus SARS-CoV-2 je navíc z 96 % podobný coronaviru, který byl izolován z netopýra. Tento „netopýří“ virus se ale ještě neumí efektivně vázat na lidský receptor ACE2. Jiný podobný coronavirus, byl prokázán u luskounů ilegálně importovaných do čínské provincie Guangdong. Tento virus vykazuje velmi vysokou podobnost v mechanismu, který viru SARS-CoV-2 umožňuje silnou interakci se zmíněným lidským receptorem ACE2. Tento silný vazebný mechanizmus tedy vytvořila sama příroda, a to u luskounů.

Druhá teorie

Druhou teorií vzniku je prvotní přenos zvířecího viru na člověka následovaný přírodním výběrem během mezilidském přenosu. Všechny doposud analyzované genomy SARS-CoV-2 ukazují k jednomu společnému předkovi. Sekvenování (zjišťování pořadí nukleových bází v nukleových kyselinách) ukazuje na vznik viru někdy na přelomu listopadu a prosince 2019, což odpovídá i prvním zjištěným případům. Tato druhá teorie předpokládá určité přechodné období nerozpoznaných nákaz člověka zvířecím virem následovaných krátkými řetězci mezilidských přenosů.

Třetí teorie

Autoři jako teoretickou možnost zmiňují neúmyslný únik viru z laboratoře. Coronaviry jsou v laboratorních podmínkách zkoumány ve více zařízeních a byly popsány případy úniků. Mutace, které viru zajišťují snadný přenos na člověka tak teoreticky mohly vzniknout při vnášení viru do tkáňových kultur.

https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9

Rubriky
• genetika • imunitní a hematopoetický systém • incidence, mortalita, statistické analýzy

Genetické predispozice, krevní skupiny a infekce SARS-CoV2

Článek více než 50 autorů ze Španělska, Itálie, Německa, Austrálie analyzuje spojitost COVID19 onemocnění u různých krevních skupin nemocných z Itálie a Španělska a s klastrem na 3. chromozomu. 

x

Rubriky
• genetika • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Variace genomu SARS COV2 a jeho mutace

Autoři shrnují výsledku analýzy diverzity virových genomů u 7666 infikovaných. Popsali 198 nezávislých mutací genomu viru SARS-CoV-2. Více než 15 mutací na region proběhlo na třech místech v Orf1ab regionu, která kóduje Nsp6, Nsp11, Nsp13 a v jednom místě u Spike proteinu.

Zjištěné opakující se mutace naznačují pokračující adaptaci SARS-CoV-2 na jeho nového lidského hostitele.
Monitorování nárůstu a vzorců genetické rozmanitosti v SARS-CoV-2 upřesnuje možné cíle pro vývoj léčiv a vakcín.

Rubriky
• genetika • imunitní a hematopoetický systém • ventilace

Sezónní rozdíly ve frekvenci vybraných patogenů infekce horních cest dýchacích

Obvyklé koronaviry způsobují infekce nejčastěji v období od prosinec do dubna. Ve stejně době ale stejné obtíže vyvolávají chřipkové viry, respirační syncitiální viry a metapneumoviry.

https://www.medscape.com/answers/302460-86798/what-are-the-seasonal-patterns-of-rhinoviral-coronaviral-enteroviral-and-adenoviral-upper-respiratory-tract-infections-uris