Rubriky
• CNS • CT, rtg, sono a MR • genetika • ledviny • ostatní • plíce

Doporučení léčby COVID19

https://www.covid19treatmentguidelines.nih.gov/

Aktuální přehled doporučení léčby COVID19 v 215 stránkové publikaci opakovaně zveřejňují američtí autoři – panel vedou dva lékaři z NIH, Bethesda a jeden lékař z Weill Cornell Medicine, NY. Celkem se na publikaci podílí dalších 30 vysoce erudovaných lékařů z amerických univerzit a výzkumných institucí. Poslední update byl proveden 9.10.2020. Byla doplněna sekce „Therapeutic management“ s podrobnější diskuzí k indikaci podávání a k dávkování remdesviru a dexamethasonu a sekce o léčbě HIV+ pacientů s infekcí COVID19.

V sekci klinických příznaků byla doplněna data a doporučení k léčbě perzistujících obtíží po prodělané infekci. V sekci léčby těžce nemocných (critically ill) byly doplněny podsekce „Sedation management“ a „Post-Intesive Care Syndrom“. Na konci každé sekce je uvedeno mnoho zdrojové literatury s elektronickými odkazy.

Rubriky
• genetika • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Podrobně popsaný případ reinfekce (včetně analýzy genomu) a opakovaného onemocnění COVID19 z USA

Autoři popisují případ reinfekce s těžkým průběhem druhé infekce u 29 letého muže z Nevady, USA. Odstup obou onemocnění byl 48 dní. Druhá infekce byla kmenen SARS-CoV2 s odlišným genomem. Mezi oběma variantami bylo zaznamenáno více než 10 mutací SNVs (single nucleotide variants) a několik dalších odlišností.

Rubriky
• genetika • pro neodbornou veřejnost česky

Původ viru SARS-CoV-2

Virus SARS-CoV-2 je sedmým známým coronavirem, který vyvolává onemocnění u člověka. Některé coronaviry způsobují jen lehká onemocnění (viry HKU1, NL63, OC43 and 229E), jiné způsobují onemocnění s těžším průběhem (SARS-CoV, MERS-CoV a SARS-CoV-2).

Objevují se různé teorie o původu tohoto zatím posledního coronaviru SARS-CoV-2. V článku, který byl zveřejněn v časopise Nature Medicine, popisují vědci nejpravděpodobnější scénáře vzniku viru založené na analýze jeho genetického materiálu (genomu) a biochemických experimentech.

Virus SARS-CoV-2 má vysokou afinitu (ochotu se vázat) k receptorům ACE2. Receptory ACE2 se nachází v těle člověka, ale taky koček a některých dalších zvířat. Tato vazba viru k receptoru ACE2 je nutná k proniknutí virových částic do buňky hostitele. Počítačové analýzy, které umí vědci vytvořit, ale předpovídají spíše slabou interakci mezi tímto konkrétním virem a lidským receptorem ACE2. Je proto nepravděpodobné, že by virus vzniknul účelovou manipulací genomu, protože tato forma viru neměla být vhodná k vazbě na receptor. Vysoká afinita viru SARS-CoV-2 je tak podle vědců velmi pravděpodobně důsledkem přírodního výběru.

První teorie

První teorií vzniku je přírodní výběr proběhlý u zvířete s následným přenosem již „hotového“ viru na člověka. Vzhledem k tomu, že většina prvních případů byla vázána na trh Huanan ve Wuhanu v Číně, je pravděpodobné, že nějaký zvířecí zdroj byl na tomto místě přítomen. Virus SARS-CoV-2 je navíc z 96 % podobný coronaviru, který byl izolován z netopýra. Tento „netopýří“ virus se ale ještě neumí efektivně vázat na lidský receptor ACE2. Jiný podobný coronavirus, byl prokázán u luskounů ilegálně importovaných do čínské provincie Guangdong. Tento virus vykazuje velmi vysokou podobnost v mechanismu, který viru SARS-CoV-2 umožňuje silnou interakci se zmíněným lidským receptorem ACE2. Tento silný vazebný mechanizmus tedy vytvořila sama příroda, a to u luskounů.

Druhá teorie

Druhou teorií vzniku je prvotní přenos zvířecího viru na člověka následovaný přírodním výběrem během mezilidském přenosu. Všechny doposud analyzované genomy SARS-CoV-2 ukazují k jednomu společnému předkovi. Sekvenování (zjišťování pořadí nukleových bází v nukleových kyselinách) ukazuje na vznik viru někdy na přelomu listopadu a prosince 2019, což odpovídá i prvním zjištěným případům. Tato druhá teorie předpokládá určité přechodné období nerozpoznaných nákaz člověka zvířecím virem následovaných krátkými řetězci mezilidských přenosů.

Třetí teorie

Autoři jako teoretickou možnost zmiňují neúmyslný únik viru z laboratoře. Coronaviry jsou v laboratorních podmínkách zkoumány ve více zařízeních a byly popsány případy úniků. Mutace, které viru zajišťují snadný přenos na člověka tak teoreticky mohly vzniknout při vnášení viru do tkáňových kultur.

https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9

Rubriky
• genetika • imunitní a hematopoetický systém • incidence, mortalita

Genetické predispozice, krevní skupiny a infekce SARS-CoV2

Článek více než 50 autorů ze Španělska, Itálie, Německa, Austrálie analyzuje spojitost COVID19 onemocnění u různých krevních skupin nemocných z Itálie a Španělska a s klastrem na 3. chromozomu. 

x

Rubriky
• genetika • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Variace genomu SARS COV2 a jeho mutace

Autoři shrnují výsledku analýzy diverzity virových genomů u 7666 infikovaných. Popsali 198 nezávislých mutací genomu viru SARS-CoV-2. Více než 15 mutací na region proběhlo na třech místech v Orf1ab regionu, která kóduje Nsp6, Nsp11, Nsp13 a v jednom místě u Spike proteinu.

Zjištěné opakující se mutace naznačují pokračující adaptaci SARS-CoV-2 na jeho nového lidského hostitele.
Monitorování nárůstu a vzorců genetické rozmanitosti v SARS-CoV-2 upřesnuje možné cíle pro vývoj léčiv a vakcín.

Rubriky
• genetika • imunitní a hematopoetický systém • ventilace

Sezónní rozdíly ve frekvenci vybraných patogenů infekce horních cest dýchacích

Obvyklé koronaviry způsobují infekce nejčastěji v období od prosinec do dubna. Ve stejně době ale stejné obtíže vyvolávají chřipkové viry, respirační syncitiální viry a metapneumoviry.

https://www.medscape.com/answers/302460-86798/what-are-the-seasonal-patterns-of-rhinoviral-coronaviral-enteroviral-and-adenoviral-upper-respiratory-tract-infections-uris

Rubriky
• genetika • populárně naučné - nerecenzované

Coronavirus si vybírá daň u přistěhovalců ve Skandinávii

Švédská agentura pro veřejné zdraví potvrdila, že somálští Švédi tvoří téměř 5 procent případů země COVID-19, přesto představují méně než 1 % z z 10 milionů obyvatel Švédska. Vyšší incidence v porovnání s rodilými Švédy je i u imigrantů z Iráku.

Ve Finsku, v Helsinkách bylo onemocnění prokázáno u 200 somálských imigrantů, tedy ve 14 % všech potvrzených infekcí.

V Norsku, kde přistěhovalci tvoří téměř 15 % celkové populace. představují asi 25 % potvrzených případů infekcí virem SARS-Cov2. Není jasné zda je tato situace ve Skandinávii způsobena jiným genomem či jinou sociální a epidemiologickou situací v těchto skupinách obyvatelstva.

https://apnews.com/1d7916cf6e48b7a231b894ef9cda1a19

Rubriky
• genetika • imunitní a hematopoetický systém

Část textu z článku v časopise Reflex – J.Svoboda a P. Kolář

Reakce naší imunity, tudíž i průběh infekce, je v příslušné populaci určena asi z 30 % geneticky, z 60 % sociálními a kulturními vlivy a minimálně z 10 % v nich hraje náhoda (příkladem je žena – superpřenašeč v příběhu Jižní Koreje). V Evropě se vyskytuje 5 majoritních variant Y chromozomů. Tři varianty se vyskytují v “Západní Evropě”, dvě převažují na východ od Rýna, kam patří celé Německo, Dánsko, Polsko, Slovensko, Rakousko, částečně i Švédsko. Samozřejmě i Česká republika. Mapa výskytu 5 variant chromozomu Y se kryje s mapou mortality v Evropě. Na východ od Rýna je až desetkrát nižší počet těžkých průběhů zakončených smrtí. Zatím to ale nemůžeme tvrdit jednoznačně, vzhledem k tomu, že virus je v naší republice krátce.