Rubrika: • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)
Vakcinolog Jiří Beran upozorňuje na jeden z nedostatků testování. Typ prováděných testů nezachytil ty, kdo nemoc prodělali bez příznaků. Nezkoumala se totiž vůbec buněčná imunita. Počet nakažených pak podle Berana nehraje vůbec žádnou roli. „Potřebujeme vědět pouze počet nově hospitalizovaných lidí v nemocnicích a na JIP.
Profesor epidemiologie Jiří Beran, ředitel Centra očkování a cestovní medicíny, polemizuje s prováděným testováním kolektivní imunity obyvatel Česka. Vlivem zvolené metodologie výsledkem nebudou informace, které očekáváme.
Studie kolektivní imunity nám zřejmě nepřinese očekávané informace o bezpříznakovém šíření viru v populaci a vlivu dosud prováděných protiepidemických opatření. Je totiž naplánována jen jako jednorázová studie, která si vytyčila za cíl sledovat imunitní parametry koronavirové infekce, jež by u zcela bezpříznakového průběhu neměly být přítomny. A ten lze očekávat až u 30-40% lidí. Rychlotesty nezahrnují buněčnou imunitu a odpověď v protilátkách třídy IgA, které mohou být pozitivní až v 15% populace exponované koronaviru.
V německém městečku Gangelt ve Westphalen
byla testována promořenost kombinací anti SARS-Cov2-IgA a IgG metodou ELISA společně s PCR metodou – s výsledkem 15.5%, zmiňovaná fatality rate byla 0.36%…..
Pracovníci laboratoře v německém Augsburgu modifikovali protokol pro průkaz SARS-CoV-2. PCR test od firmy Roche hodnotí dvě cílové sekvence. Jedna ze dvou cílových sekvencí – E-Gen se vyskytuje i u jiných koronavirů. Druhá sekvence ORF-Gen je specifická jen pro SARS-CoV-2. V případě pozitivity pouze na E-gen při odděleném hodnocení obou sekvencí nebyl test hodnocen jako jasně pozitivní. Od 3.4.2020 vzhledem k vysoké prevalenci a na základě doporučení WHO je test hodnocen jako pozitivní i v případě pozitivity jen na E-Gen.
Původní CDC protokol je diagnosticky nevhodný – je navržený na zbytečně variabilní oblast genomu viru (riziko falešných diagnostických negativit, pokud virus bude promutovávat, což evidentně činí), v komplikovaném provedení (3 „komplementární“ detekční reakce místo jedné „jasné, přesné a úderné“). Je to pracné a drahé a naprosto nevhodné pro „high-throughput screening“ populace v čase epidemie. Výsledek by by měl být dostupný rovněž v kvantitativním provedení (tak to provádíme u nás v laboratoři) – tedy jak moc je pacient pozitivní. Vyjadřuje se to v kopiích viru v daném objemu vyšetřovaného vzorku – má to velkou klinickou relevanci.
Navíc je původní CDC protokol poměrně nespecifický a detekuje lehounce i jiné slizniční koronaviry, ne jenom SARS-CoV-2. V případech slabých pozitivit SARS-CoV-2, které se ale mohou kvantitativně v průběhu několika dnů zvýšit, je původní CDC protokol špatný. My jsme jej předělali na 5′ UTR viru, která je pro tento virus naprosto unikátní a specifická. Tento nový a validovaný protokol jsme zdarma nabídli po celém světě (už je snad všude), má ho i řada tuzemských laboratoří, pouze ho prozatím nepoužívají velké laboratoře Fakultních nemocnic v ČR (ke dni 21.4.2020)
Schválil: Matouš Preininger