Rubriky
• testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Modifikace protokolu hodnocení PCR testu firmy Roche dle WHO

Pracovníci laboratoře v německém Augsburgu modifikovali protokol pro průkaz SARS-CoV-2. PCR test od firmy Roche hodnotí dvě cílové sekvence. Jedna ze dvou cílových sekvencí – E-Gen se vyskytuje i u jiných koronavirů. Druhá sekvence ORF-Gen je specifická jen pro SARS-CoV-2. V případě pozitivity pouze na E-gen při odděleném hodnocení obou sekvencí nebyl test hodnocen jako jasně pozitivní. Od 3.4.2020 vzhledem k vysoké prevalenci a na základě doporučení WHO je test hodnocen jako pozitivní i v případě pozitivity jen na E-Gen.

http://www.labor-augsburg-mvz.de/de/aktuelles/coronavirus

Rubriky
• testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Komentář MUDr. S. Pekové PhD k protokolu CDC pro rRT-PCR

Původní CDC protokol je diagnosticky nevhodný – je navržený na zbytečně variabilní oblast genomu viru (riziko falešných diagnostických negativit, pokud virus bude promutovávat, což evidentně činí), v komplikovaném provedení (3 „komplementární“ detekční reakce místo jedné „jasné, přesné a úderné“). Je to pracné a drahé a naprosto nevhodné pro „high-throughput screening“ populace v čase epidemie. Výsledek by by měl být dostupný rovněž v kvantitativním provedení (tak to provádíme u nás v laboratoři) – tedy jak moc je pacient pozitivní. Vyjadřuje se to v kopiích viru v daném objemu vyšetřovaného vzorku – má to velkou klinickou relevanci.

Navíc je původní CDC protokol poměrně nespecifický a detekuje lehounce i jiné slizniční koronaviry, ne jenom SARS-CoV-2. V případech slabých pozitivit SARS-CoV-2, které se ale mohou kvantitativně v průběhu několika dnů zvýšit, je původní CDC protokol špatný. My jsme jej předělali na 5′ UTR viru, která je pro tento virus naprosto unikátní a specifická. Tento nový a validovaný protokol jsme zdarma nabídli po celém světě (už je snad všude), má ho i řada tuzemských laboratoří, pouze ho prozatím nepoužívají velké laboratoře Fakultních nemocnic v ČR (ke dni 21.4.2020)

Schválil: Matouš Preininger