Rubriky
• incidence, mortalita • ostatní • pro neodbornou veřejnost česky

Uzavírání škol dlouhodobě nejspíše zvýší v UK počet obětí COVID19

Podle pravděpodobnostního modelu a podle retrospektivní analýzy dat, uveřejněné 7. října 2020 v prestižním časopise British Medical Journal, je velmi pravděpodobné, že omezení výuky na školách zvýší v delším časovém horizontu počet obětí současné pandemie. Z modelu autorů a z analýzy proběhlých uzávěrů škol v UK vyplývá, že míra kontaktu domácností pro rodiny studentů se během uzavření zvýší o 50%. Kontakty v komunitě se během uzavření zvyšují o 25%. Přestože uzávěr škol sníží reprodukční číslo R, má podle autorů za následek více celkových úmrtí než žádné zavírání škol. Zmírnění epidemie covid-19 vyžaduje odlišnou strategii než chřipkové epidemie, s větším důrazem na ochranu starších a zranitelných lidí. Zatímco celkové infekce jsou na nízké úrovni, covid-19 se projevuje jako lokalizované hroty. Aktuálně dostupná data nestačí k spolehlivé předpovědi, kde k nim dojde.

Rubriky
• ostatní • pro neodbornou veřejnost česky • ventilace

Jak dobře fungují roušky a jiné způsoby ochrany proti virovým infekcím – souhrn publikací za posledních 25 let – metaanalýza

Kolektiv autorů z Kanady shrnuje v přehledné práci rozborem 172 prací z 16 zemí účinnost různých typů ochrany od sociálního ditancování přes roušky až po ochranu očí. Autoři uváději 87 citovaných zdrojů z lket 2003-2020. Vzdálenost 1m, 2m a 3m mají logicky vzestupný efekt ochrany. Použití obličejových masek je vhodné dle frekvenční a Bayesiánské analýzy jak pro ochranu zdravotníků tak veřejnosti, v komunitě je sice méně efektivní než v prostředí zdravotní péče, ale protektivní účinek na šíření viru je zřejmý. Respirátory N95 jsou účinější než bavlněné chirurgické roušky a to i i při absenci aerosolizace. Ochrana očí může poskytnout další výhody.

Rubriky
• imunitní a hematopoetický systém • incidence, mortalita • ostatní • pro neodbornou veřejnost česky

Inokulce = „variolizace“ infekcí SARS-CoV2 nošením roušky

Rouška nezabrání infekce, ale zmenší množství = dávku viru a tak se zvýší množtví lidí, u kterých se vyvine imunita ale neonemocní. Toto je hypotéza kterou popisují dva autoři v článku publikovaném v NEJM v září 2020. Autoři spekulují, že by efekt roušek napodoboval nejstarší doloženou metodu ochrany proti pravým neštovicím. Již v 10. století v Číně bylo používáno vdechování usušených neštovičných strupů, obsahujících především neaktivní viriony. Tato metoda se nazývá variolizace.

Rubriky
• ostatní • populárně naučné - nerecenzované • pro neodbornou veřejnost česky • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Interaktivní graf popisující klady a zápory testů protilátek COVID-19 na stránkách British Medical Journal

https://www.bmj.com/content/370/bmj.m3325

Rubriky
• incidence, mortalita • karanténa • ostatní • pro neodbornou veřejnost česky

Vliv opatření proti šíření infekce SARS-CoV2 („lockdown“, roušky, „social distancing“) na celkovou úmrtnost je mizivý

V poměrně dlouhé a fakty nabité přednášce komentuje Ivor Cummins na demografických křivkách a vývoji mortality na COVID19 v jednotlivých státech. Dva odlišné typy epidemického šíření respiračních virových infekcí byli popsány již v minulém století. Tzv. Gompertzova křivka popisuje šíření chřipky v Evropě a na východním pobřeží USA. Tzv. „double hump“ křivka popisuje šíření epidemií chřipky na celém území USA. Zde se totiž kombinují plochá křivka, s delším plateau, popisující šíření respiračních virových infekcí v rovníkových zemích a v jižních oblastech USA (Texas, Nové Mexiko, jižní části Kalifornie a Florida) a výše zmíněná Gompertzova křivka.

Dále autor z Irska analyzuje příčinu vyšší úmrtnosti ve Švédsku v porovnání s Norskem a Fisnkem a vysvětluje jí na grafech výrazným poklesem úmrtnosti na konci roku 2019 a v lednu 2020 ve Švédsku. Ve Fisnku a Norsko ve stejném období k žádnému poklesu úmrtnosti nedošlo. Tím vznikla ve Švédsku početně větší skupina tzv. křehké populace (vyšší věk a chronická onemocnění v pokročilé fázi), kterou pak zahubila rychle se šíří respirační infekce COVID19.

Autoro porovnává „excessive death“ tedy výchylku na kumulativních grafech mortality dle stránek euromomo.eu ve sledovaných evropských státech v roce 2018 v průběhu chřipkové epidemi , která proběhla bez jakýchkoli evropských karantén a bez většího zájmu médii a v roce 2020. Rozdíl vzhledem ke sledované populaci 360 miliónů je velmi malý.

Rubriky
• ostatní • populárně naučné - nerecenzované • pro neodbornou veřejnost česky

COVID19 pohled do budoucnosti

Autor publikoval tento text jako Newsletter na webu Practieupdate je lékař působící na Univerzitě ve Wisconsinu. V úvodu své úvahy si klade otázku, zda můžeme predikovat budoucí vývoj pandemie? Jednoduchá odpověď je, že nemůžeme. Zůstávají nám jen odhady, co se může stát. Některé z předpovědí jsou vzdělané a informované; ostatní jsou divoké spekulace. Na první se soustředí následující předpovědi o tom, co se může stát s globální pandemií COVID-19 v dalších týdnech a měsících.
V současné době nemáme žádnou vakcínu proti SARS-CoV-2 a žádnou ověřenou léčbu COVID-19 založenou na důkazech. Máme opatření v oblasti veřejného zdraví, jako je „sociální distancování“ pro prevenci a lékařské intervence spočívající v podpůrné péči.
Využití epidemiologických nástrojů ve prospěch veřejného zdraví společnosti především kupuje čas na vývoj a testování vakcín a léčiv.

O podrobné modelování Kissler et al (odkaz pod textem) , kteří zohledňují sezónnost, trvání imunity a křížové ochrany způsobené předchozí infekcí dvěma dalšími běžnými betacoronaviry (HKU1 a OC43). Poté poskytují celou řadu scénářů, které současně hodnotí dopady délky (4 týdny až na dobu neurčitou) a síly (0-60% snížení Ro) sociálního distancování.

Základní poznatky:
1. koronaviry jsou sezónní; cirkulovaly především v pozdních podzimních, zimních a časných jarních měsících v mírných oblastech;
2. imunita vůči běžným betakoronavirům HKU1 a OC43 slábne poměrně rychle v průběhu zhruba jednoho roku;
3. mezi těmito dvěma běžnými typy viry existuje určitá zkřížená ochrana a snad se vztahuje i na SARS-CoV-2;
4. oba tyto sezónní koronaviry jsou méně infekční než SARS-CoV-2.

Snahy o modelování vedou k některým zajímavým a nepříjemným závěrům:
1. SARS-CoV-2 se může množit v kterémkoli ročním období (jak nyní vidíme po celém světě);
2. pokud imunita není trvalá, SARS-CoV-2 nakonec vstoupí do pravidelného oběhu jako náš pátý sezónní koronavirus;
3. pokud je imunita trvalá (nebo velmi dlouhotrvající), SARS-CoV-2 by mohl po několika letech zmizet;
4. vysoká úroveň sezónnosti povede k menšímu počátečnímu vrcholu, ale k většímu ohnisku v průběhu zimy;
5. nízká úroveň křížové ochrany před OC43 a HKU1 by mohla umožnit obnovu SARS-CoV-2 po období nízké aktivity trvající několik let.

Když spojíme možnou sezónnost a sociální distancování nabízejí se následující scénáře dalšího vývoje:
1. krátké období sociálního distancování odsune šíření infekce do blízké budoucnosti;
2. delší období a vyšší intenzita sociálního distancování efektivně sníží výskyty ohnisek a jejich šíření, ale výsledkem bude významný nárůst počtu infikovaných na podzim a v zimě;
3. permanentní sociálního distancován střední či vysoké intenzity bude při kontrole a utlumení šíření infekce SARS-CoV-2 fungovat (ale bylo by to téměř pro nás všechny nesnesitelné).

Nejpravděpodobnější jsou tedy scénáře vývoje, které kombinují sezónní kulminace infekce a účinky sociální distancování:
1. krátké trvání sociálního distancování mírně zpožďuje vrcholy COVID-19, ale vede k vysoké celkové míře infekce v populaci; 2. delší trvání sociálního distancování přesouvá vrcholy do zimních měsíců a zvyšuje celkovou míru infekce;
3. přerušované sociální distancování založené na dobrém monitorování, umožní lepší kontrolu ohnisek rychlého šíření případu, do té doby dokud nebudou k dispozici vakcíny nebo dokud nebude infikováno dostatečné procento populace, která se stane imunní a zamezí šíření infekce (tzv. stádní imunita).

Jde vždy o Faustovu volbu, kupování si času na účet možné budoucí katastrofy, ale při zachování si naděje na možný budoucí efekt doposud neexistující léčby a / nebo vakcíny. Druhou možností je, že se v mezidobí objeví kritická data týkající se rozsahu imunity populace, trvání imunity po prodělané infekci a rychlostí jejího poklesu. Pak může být strategie ochrany populace upřesněna.

Perhaps the last and best words for COVID-19 predictions are those of Ebenezer Scrooge, “Are these the shadows of the things that Will be, or are they shadows of things that May be?” Only time will tell.

https://www.practiceupdate.com/expertopinion/4637/3/1?elsca1=emc_enews_top-10&elsca2=email&elsca3=practiceupdate_onc&elsca4=oncology&elsca5=newsletter&rid=MTI3NDk1NzgxMjYwS0&lid=10332481

Zdroj zdroje: Kissler SM, Tedijanto C, Goldstein E, et al. Projecting the transmission dynamics of SARS-CoV-2 through the postpandemic period. Science. 2020 Apr 14. doi: 10.1126/science.abb5793. [Epub ahead of print.]

Další články autora

  1. Loss of Smell and Taste in Mild to Moderate COVID-19
  2. Physical Distancing, Face Masks, and Eye Protection to Prevent Transmission of COVID-19
  3. Oedipus and the Coronavirus Pandemic
  4. Remdesivir for the Treatment of COVID-19—Preliminary Report
  5. Being Human Amidst COVID-19
  6. Public Wearing of Face Masks During the COVID-19 Crisis
  7. Child Health: CDC Issues Health Alert for Multisystem Inflammatory Syndrome
  8. Child Health: The Indirect Specter of COVID-19
  9. COVID-19: Face Masks for the Public
  10. Remdesivir Reduces Time to Recovery in COVID-19 Patients


Rubriky
• imunitní a hematopoetický systém • incidence, mortalita • populárně naučné - nerecenzované • pro neodbornou veřejnost česky

Bagatelizace pandemie není na místě

Je jisté, že významnou roli sehrál postoj kontinentální Číny, která už od března 2019 o struktuře existujícího nebezpečného viru věděla / prosáklo to díky odvaze jednoho čínského vědce už v létě na virologicko – imunologické symposium. Ale, jak to na kongresech bývá, večernímu satelitnímu zasedání, jichž se zúčastnilo několik pospávajících lidí, nikdo nevěnoval pozornost. Přitom každý zkušený strukturální virolog musí díky struktuře regulačního genu, která je unikátní, a díky současné přítomnosti dvou genů / vazba na ACE 2 a transmembránovou proteinasu /, které se v přírodě vedle sebe nevyskytují, tomuto viru věnovat ihned zvýšenou pozornost. Proč se tyto geny nevyskutuji současně? Protože jsou charakteristická pro dva živočichy, netopýra a luskouna ostrovního, kteří ani ve stejném ekosystému spolu nežijí a míjejí se v čase i v prostoru.

Údajně první infikovaný / hledaný ! / pacient byl objeven v Číně 17. listopadu 2019, pak tam nastalo peklo, jehož existenci kontinentální Číňané prakticky až do konce ledna 2019 tajili stejně jako strukturu viru. Samozřejmě tehdy uváděná mortalita 4 – 6% sloužila i ke zdůvodnění represivních opatření a sama asi byla důsledkem zvýšené úmrtnosti např. v důsledku velmi špatných ekonomických podmínek. Bagatelizovat COVID-19 by bylo totéž jako bagatelizovat existenci nebezpečného SARS a MERS, se kterými však je není možné srovnávat, protože se z epidemiologického hlediska chovají zcela odlišně – kdo byl infikovaný, vážně onemocněl, a tudíž bylo možné obě onemocnění snadno limitovat, příprava vakcíny na SARS byla dokonce zastavena.

Zrádnost tohoto nového koronaviru SARS-CoV-2 spočívá v tom, že až 80 – 90 infikovaných lidí může být víceméně klinicky asympomatických / případně drobné respirační příznaky jako u 4 druhů koronavirů, které zde tisíce let v naší populaci cirkulují a působí onemocnění připomínající “ nachlazení „, přičemž prokázaní infikovaní lidé i lidé, kteří ještě ani test nemají pozitivní, mohou být masivními nosiči. Z epidemiologického hlediska se tedy tento virus chová jako chřipka a prakticky nejsme schopni ho lokalizovat. Díky své virové struktuře / zcela bez obdoby v přírodě je regulační gen, dále gen pro receptor vážící se s molekulou ACE 2 a s transmembránovou serinovou proteázou / proniká do nejrůznějších cílových buněk lidského těla, díky šíření kapénkovou infekcí především do dýchacích cest, zejména do distálních dýchacích cest a alveolů / pneumocyty II. typu /.

Molekula ACE má svouji “ vnitřní logiku “ – vyvolává vzestup TK a především vazokonstrikci s možným následným hypoxickým poškozením tkání, včetně generalizované endotelitidy a následné endoteliální dysfunkce, ale zároveň prostřednictvím regulace funkce gama Interferonu, jehož změny pozoroji při zvýšení či snížení sérového angiotensin konvertujícího enzymu v séru, již asi 5 – 6 let, “ zvýšení SACE – zvýšení gama IFN a obráceně. Transmembránová serinová proteinasa je regulována testosteronem, proto se asi mapa variant Y chromosomu v Evropě kryje s místem vyššího a nižšího výskytu těžkých forem COVIDU-19 / “ hranice na Rýnu “ /. Řada studií svědčí pro to, že muži léčení pro onemocnění prostaty inhibitory testosteronu, mají podstatně redukovanou možnost onemocnění COVIDEM-19.

Při aktivaci ACE 2 dochází nejdříve i při respirační formě COVIDU-19 k lokální vazokonstrikce a hypoxii, asi v 10% případů se však reakce generalizuje, postihuje prakticky všechny endothelie / endotelitis / trpící potom hypoxií, rozvíjí se endoteliální dysfunkce, cirkulující imunokomplexy tvořené protilátkou proti novému koronaviru a koronavirem nejsou v důsledku redukované funkce T lymfocytů fagocytovány, selhává fagocytární clearence, a imunokomplexy jsou deponovány do tkání, především do cévní stěny, kde indukuje vaskulitidu, pozměněná vnitřní cévní stěna pak indukuje i tvorbu autoprotilátek, především různé formy antifosfolipidových a antikardiolipinových autoprotilátek, které přispívají k vzniku tepenných i žilních trombů a embolů, po konsumpci srážecích faktorů pak se rozvíjí i disseminovaná intravaskulární koagulace / DIC / a za přispění SIRS a CARS dochází k extrémní tvorbě cytokinů, a to nekoordinovaně a jednotlivé cytokiny mají často i protichůdné účinky. Samozřejmě podobná imunopatologická reakce zabíjí infikované lidi i při jiných infekcích / “ odpověď organizmu “ /, ale zde je díky zapojeným imunologickým funkcím a zvláštní struktuře viru zcela odlišná.

Zradou COVIDu-19 je jednak jeho nevyzpytatelné epidemiologické chování, u 80 – 90% lidí nejsme prakticky schopni infekci zachytit / asymptomatičí nebo tzv. “ respirační forma “ /, u asi 10% lidí těžká, život ohrožující “ vaskulární forma „, která může skončit, zejména u predisponovaných / určitá onemocnění, genetický polymorfizmus,../ fatálně. Proč právě u těchto lidí, to nevíme. Studie z poslední doby ukazují, že u lidí, kteří prodělali infekci SARS-CoV-2, se u helper CD4+ T lymfocytů a u aktivovaných CD8+ cytotoxických T lymfocytů vytváří specifický receptor pro SARS-CoV-2, ale překvapením je, že i u lidí, kteří COVID-19 neprodělali, nacházíme si u 40 – 60% lidí tyto receptory na stejných typech CD lymfocytárních subpopulací. Snad je o zkříženou reakci s běžnými, v našem prostředí přítomnými, koronaviry, které nejsou nadány schopností indukovat onu “ vaskulární fázi “ /

Další otázkou jsou i mezi lymfocytárními receptory existující antiidiotypové sítě, podobně jako u protilátek, kdy každá lichá generace je namířena proti antigenu, tedy zde viru, každá sudá generace je “ vnitřním obrazem “ antigenu, tedy viru, se kterým se organizmus setkal tyto “ vnitřní obrazy mají pravděpodobně i určitý imunogenní potenciál ! Ale to už je trochu scifi.

Rubriky
• ostatní • pro neodbornou veřejnost česky

Co se udělalo špatně

Analytický článek shrnující přístup státu a zdravotnických systému k pandémii. Kolektiv více než 20 autorů se snaží odhalit příčiny krize zdravotnických systému i ekonomiky v průběhu posledních 5 měsíců pandémie.

Rubriky
• genetika • pro neodbornou veřejnost česky

Původ viru SARS-CoV-2

Virus SARS-CoV-2 je sedmým známým coronavirem, který vyvolává onemocnění u člověka. Některé coronaviry způsobují jen lehká onemocnění (viry HKU1, NL63, OC43 and 229E), jiné způsobují onemocnění s těžším průběhem (SARS-CoV, MERS-CoV a SARS-CoV-2).

Objevují se různé teorie o původu tohoto zatím posledního coronaviru SARS-CoV-2. V článku, který byl zveřejněn v časopise Nature Medicine, popisují vědci nejpravděpodobnější scénáře vzniku viru založené na analýze jeho genetického materiálu (genomu) a biochemických experimentech.

Virus SARS-CoV-2 má vysokou afinitu (ochotu se vázat) k receptorům ACE2. Receptory ACE2 se nachází v těle člověka, ale taky koček a některých dalších zvířat. Tato vazba viru k receptoru ACE2 je nutná k proniknutí virových částic do buňky hostitele. Počítačové analýzy, které umí vědci vytvořit, ale předpovídají spíše slabou interakci mezi tímto konkrétním virem a lidským receptorem ACE2. Je proto nepravděpodobné, že by virus vzniknul účelovou manipulací genomu, protože tato forma viru neměla být vhodná k vazbě na receptor. Vysoká afinita viru SARS-CoV-2 je tak podle vědců velmi pravděpodobně důsledkem přírodního výběru.

První teorie

První teorií vzniku je přírodní výběr proběhlý u zvířete s následným přenosem již „hotového“ viru na člověka. Vzhledem k tomu, že většina prvních případů byla vázána na trh Huanan ve Wuhanu v Číně, je pravděpodobné, že nějaký zvířecí zdroj byl na tomto místě přítomen. Virus SARS-CoV-2 je navíc z 96 % podobný coronaviru, který byl izolován z netopýra. Tento „netopýří“ virus se ale ještě neumí efektivně vázat na lidský receptor ACE2. Jiný podobný coronavirus, byl prokázán u luskounů ilegálně importovaných do čínské provincie Guangdong. Tento virus vykazuje velmi vysokou podobnost v mechanismu, který viru SARS-CoV-2 umožňuje silnou interakci se zmíněným lidským receptorem ACE2. Tento silný vazebný mechanizmus tedy vytvořila sama příroda, a to u luskounů.

Druhá teorie

Druhou teorií vzniku je prvotní přenos zvířecího viru na člověka následovaný přírodním výběrem během mezilidském přenosu. Všechny doposud analyzované genomy SARS-CoV-2 ukazují k jednomu společnému předkovi. Sekvenování (zjišťování pořadí nukleových bází v nukleových kyselinách) ukazuje na vznik viru někdy na přelomu listopadu a prosince 2019, což odpovídá i prvním zjištěným případům. Tato druhá teorie předpokládá určité přechodné období nerozpoznaných nákaz člověka zvířecím virem následovaných krátkými řetězci mezilidských přenosů.

Třetí teorie

Autoři jako teoretickou možnost zmiňují neúmyslný únik viru z laboratoře. Coronaviry jsou v laboratorních podmínkách zkoumány ve více zařízeních a byly popsány případy úniků. Mutace, které viru zajišťují snadný přenos na člověka tak teoreticky mohly vzniknout při vnášení viru do tkáňových kultur.

https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9

Rubriky
• karanténa • pro neodbornou veřejnost česky • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Přežívání viru ve vzduchu v kapénkách vzniklých při řeči

Článek publikovaný ve Sborníku Národní akademie věd Spojených států amerických se zabývá možností šíření nákazy vzduchem drobnými kapénkami, které vznikají při řeči.

Je prokázáno, že ve slinách jsou částice viru SARS-CoV-2 přítomny i u asymptomatických pacientů. Autoři pomocí laseru v laboratorních podmínkách zjišťovali množství kapének, které při řeči vznikají.

Průměrně docházelo ke vzniku přibližně 1000 kapének za vteřinu. Objem kapének a jejich množství rostl s hlasitostí řeči. Velikost tvořených kapének měla vliv na délku setrvání ve vzduchu a množství virových částic v kapénce. Menší kapénky obsahují sice menší virovou nálož, ale zůstávají ve vzduchu déle. Delší setrvání kapének ve vzduchu umocňuje zmenšení jejich objemu rychlým vypařováním tekutiny z těchto kapének.

Autoři také vypočítávají, jaká virová nálož je přítomna v jedné kapénce. Například v kapénce o velikosti 10 µm před vyschnutím je přítomna jedna virová částice s pravděpodobností 0,37 %, v kapénce o velikosti 50 µm pravděpodobnost přítomnosti jedné virové částice je již vyšší, a to 37 %.

Autoři odhadují, že při řeči vzniká za vteřinu nejméně 1000 kapének obsahujících virové částice, které zůstávají v neproudícím vzduchu při pokojové teplotě a nízké relativní vlhkosti více než 8 minut.

Rozdílem od běžného života je provedení testu v laboratorních podmínkách při absenci proudění vzduchu. Test byl prováděn při nízké relativní vlhkosti vzduchu, která má vliv na zrychlení vysychání kapének, a tím na delší setrvání kapének ve vzduchu. Drobným rozdílem od našich podmínek může být i fakt, že zkoumána byla anglická věta: „Stay healthy.“, kde právě slabika „th“, která v češtině chybí, má produkovat nejvíce kapének.

Zatím není známo, jakou virovou nálož by musel člověk vdechnout, aby virus způsobil onemocnění COVID-19. Podle názoru autorů práce ale představují tyto kapénky významnou cestu přenosu viru SARS-CoV-2. Tento názor nemají zatím vědecky potvrzen.

Práce se nezabývá vlivem používání ústenek na případné snížení virové nálože.

https://www.pnas.org/content/early/2020/05/12/2006874117