Rubriky
• imunitní a hematopoetický systém • pro neodbornou veřejnost • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Čísla v pandemii, jejich význam a mediální interpretace

Devět tisíc pět set čtyřicet čtyři – dnes jako v posledních týdnech téměř každý den na nás z médií křičí další děsivé číslo údajně potvrzující nezadržitelnou explozi covidové pandemie. Říkají tomu počet nově nakažených z minulého dne, někteří dokonce počet nemocných. Většinu lidí toto trvale rostoucí číslo děsí a zřejmě je děsit má. Panika sílí.

Ve skutečnosti je toto číslo – náš hlavní indikátor vývoje situace – naprosto nesmyslné. Samo o sobě téměř postrádá vypovídací hodnotu. Nejde ani o počet nově nemocných, ani nakažených, ale počet pozitivních testů zjištěných metodou PCRTo znamená, že obsahuje duplicity (lidí opakovaně testované). Pozitivita testů automaticky neznamená nákazu, natož stav nemoci. Devadesáti procentům pozitivně testovaných lidí vůbec nic není a mezi nemocné být počítáni nemohou. (Jenom pro srovnání, u chřipkových epidemií, kdy se uvádí řádově vyšší počet nakažených, jde o skutečně nemocné lidi, protože pozitivitu na chřipkový virus u zdravých lidí nikdo nezjišťuje).

Druhou zásadní věcí je fakt, že se v šířeném zpravodajství toto číslo pozitivně testovaných explicitně nedává do souvislosti s počtem provedených testů.  Těch se dnes provádí cca 30 000 denně, což znamená, že pozitivních je dnes asi třetina. To je samozřejmě hodně, ale vůbec nám to nic neříká o vývoji nákazy v čase.  Jestliže se dozvídáme, že předevčírem bylo 6,5 tisíce pozitivních, včera 8000 a dnes 9000, vypadá to, že nákaza prudce roste. Dodáme-li, ALE že první dva dny se provedlo 20 000 testů a dnes o třetinu více, znamená to, že se nárůst počtu pozitivních zpomaluje.  Takto však situaci nikdo zřetelně neinterpretuje. Kdyby se nám dnes naráz podařilo zvýšit počet testů na sto tisíc, budeme mít nově „nemocných“ přes 30 000, a v současné interpretační praxi se nám nákaza ze dne na den více než ztrojnásobí. Ve skutečnosti však zůstává stejná.

Další zamlčenou neznámou je, jak se vytváří a v čase mění testovaný soubor obyvatelstva. Pokud jsou na testy orgány hygieny posíláni převážně lidé s příznaky nemoci a jejich blízké okolí zjištěné trasováním, poměr mezi celkovým počtem testů a počtem nakažených bude vysoký. Pokud do hry vstupuje větší počet náhodných osob, které nemají příznaky a nežijí s nakaženými, poměr se bude logicky snižovat. Jak se mění kompozice testovaného vzorku v čase, nám nesděluje nikdo, ale čísla jsou nám prezentována jako srovnatelná, což není pravda.

To vše znamená, že hlavní publikované indikátory epidemie, o něž jsou argumentačně opřena přijímaná drakonická opatření, nejsou seriózní a ve vážné diskusi nemohou obstát.

Jedinou relevantní informací může být nárůst počtu hospitalizovaných, hospitalizovaných v těžkém stavu a především počty zemřelých.

Právě vývoj úmrtnosti, respektive její radikální zhoršování, může ospravedlnit karantény, lock-downy a enormní ekonomické a finanční ztráty. Nejde však o úmrtnost na covid, ani s covidem, jde o vývoj úmrtnosti celkové.  Počty úmrtí, které jsou publikovány a připisovány covidu, jsou absurdní nesmyslná čísla. Vyplývají z oficiální definice ministerstva zdravotnictví, že se za oběť covidu považuje každý pozitivně testovaný zemřelý, ať byla příčina jeho smrti jakákoliv. Nesmyslnost tohoto přístupu je tak evidentní, až je děsivá. Znamená, že pozitivně testované oběti dopravních nehod nebo sebevražd jsou vykazovány jako ti, jež zahubil koronavirus.  Kdybychom obdobné pravidlo jako u covidu aplikovali na střevní bakterii escherichia coli, na kterou je pozitivní každý člověk, mohli bychom rázem označit za vymýcené všechny známé choroby a tvrdit, že smrt má na světě pouze jedinou příčinu – tuto bakterii.

Obrázek o závažnosti situace si tak můžeme udělat pouze z údajů o vývoji celkové úmrtnosti v zemi. Podle posledních zveřejněných údajů ČSÚ nejen že celková úmrtnost v ČR neroste, ale oproti relativně příznivému loňskému roku (mírná zima, slabá chřipková epidemie atd.) se dokonce snížila a za posledních 5 let zůstává druhá nejnižší.  Nikde se také běžný občan, který je k smrti hysterizován výkřiky, že na covid již zemřelo přes tisíc lidí, nedozví, že za tři čtvrtiny každého roku zemře u nás mezi 80 a 90 tisíci lidmi, denně v průměru přes 300.  Toto měřítko v mediálním hodnocení situace chybí.

Pokud nedochází k dramatické změně celkové úmrtnosti, znamená to, že COVID19 fakticky nic podstatného nemění, pouze možná koncentruje běžné fatální případy způsobení jinými chorobami do kratšího období v průběhu roku, což může krátkodobě zahlcovat zdravotnický systém nebo jednotlivé nemocnice.  

Oprávněnost drakonických opatření likvidujících celá odvětví ekonomiky a ničících na dlouhá léta veřejné finance v důsledku karantén a lock-downu však v takovém případě rozhodně mizí. O vývoji celkové úmrtnosti se zarytě mlčí.

O absurditě a nesmyslnosti publikovaných údajů a na nich založené propagandy vědí nejenom laici, ale vědí o ní samozřejmě především odborníci, příslušné státní orgány i politici, kteří již na to byli navíc mnohokrát upozorněni. Přesto s námi tímto nehorázným způsobem stále manipulují a vědomě šíří strach a hysterii. Ptejme se jich, proč to dělají.

Rubriky
• populárně naučné - nerecenzované • pro neodbornou veřejnost • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Antigenní testy nejsou spolehlivé, ukazuje provedená studie

Tiskový odbor FN Motol zveřejnil tuto zprávu: Srovnávací studie měla odpovědět na otázky, jestli je možné dosud nejspolehlivější metodu testovánína Covid-19, tedy PCR (výsledky do 4 hodin), nahradit metodou novou, ukteré testování trvá kratší dobu –přibližně 30 minut. Zkoumala se jednak celková citlivost antigenních testů, tzn. u jedinců bez ohledu na projevené příznaky, a dále citlivost u těch, u kterých se alespoň jeden zuváděných příznaků nemoci Covid-19 projevil.O použití antigenních testů se uvažovalo vsouvislosti sceloplošným testováním české populace. Během testovací studie, která proběhla v minulém týdnu (21.10.2020-24.10.2020),vyšetřil tým pracovníků Ústavu lékařské mikrobiologie 2. LF UK a FN Motol ve spolupráci s odběrovým místem FN Motol celkem 591 jedinců, kteří navštívili odběrové místo a souhlasili s odběry z nosohltanu pro účely srovnávací studie. Věkový průměr testovaných osob byl40 let (věkové rozpětí 11 až 78 let).Jeden anebovíce příznaků onemocnění COVID-19 u sebe pozorovalo 290 jedinců (49 %), zbylých 391 jedinců neuvádělo žádný z následujících příznaků: kašel, bolest svalů, kloubů, zimnice, průjem, zvracení, zvýšená teplota,ztráta chuti a čichu.„Výsledky studie jsou opravdu daleko za očekáváním. Celková senzitivita antigenních testů se podle našeho zjištění pohybuje pod hranicí 70 %.Náš odhad byl přitom zhruba 85 %,“ říká prof. MUDr. Pavel Dřevínek,Ph.D.,přednosta Ústavu lékařské mikrobiologie 2. LF UK a FN Motol,a dodává: „Dá se říct, že 3 z 10 Covid+pacientů, a to dokonce i pokud mají příznaky,antigenní testy vůbec nerozpoznají!“Ve studii byly srovnávány dva typy antigenního testu, které se mezi sebou liší především ve způsobu detekce a odečtu barevné změny testovacího proužku. Zatímco výsledek jednoho typu testu se odečítá prostým okem (antigenní test 1), druhý vyžaduje přístroj pro odečet fluorescenčního signálu (antigenní test 2). Pro každý z testů byl jako materiál použit samostatný výtěr z nosohltanu; testy byly provedeny podle instrukcí výrobců ihned po odběru v prostoru odběrové místnosti. Metoda PCR byla provedena ze samostatného výtěru znosohltanuadoplněnáo výtěr ze zadní stěny nosohltanu. Výtěry pro účely PCR byly vloženy do virologického transportního média a zpracovány standardním způsobemvprostorách pracoviště nemocniční mikrobiologie, který zahrnoval potřebnou extrakcinukleové kyseliny a vlastní PCR(polymerázová řetězová reakce; jedná se o metodurychlého a snadného zmnožení úseku DNA založená na principu replikace nukleových kyselin).

Rubriky
• incidence, mortalita, statistické analýzy • léčba, léky, ostatní • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Epidemiologie a přenos COVID19 – data z Indie

V časopise Science byl na konci září 2020 uveřejněn článek indických a amerických autorů. Ačkoli se většina případů COVID-19 vyskytla v zemích s nízkými HDP, nižší úrovní zdravotnictví a nižší dostupností zdravotní péče, je o epidemiologii onemocnění v těchto podmínkách známo málo. Data z indických států Tamil Nadu a Ándhrapradéš poskytují podrobný pohled na přenosové cesty SARS-CoV-2 a úmrtnost v prostředí s vysokou incidencí.

Hlášené případy a úmrtí byly soustředěny do mladších kohort, než se očekávalo z pozorování v zemích s vyšším HDP, a to i po zohlednění demografických rozdílů Mezi 575 071 vyšetřenými bylo 84 965 potvrzených případů. Pravděpodobnost infekce se pohybovala od 4,7 % u nízkorizikových do 10,7% u a vysoce rizikových typů kontaktů. Kontakty stejného věku byly spojeny s největším rizikem infekce. Úmrtnost byla 0,05% ve věku 5-17 let a postupně stoupala s věkem až na 16,6% ve věku ≥ 85 let. Pro výzkum účinnosti různých opatření jsou naléhavě nutná primární data ze zemí s nízkými zdroji.
Analýza dat poukazuje na značné rozdíly v pravděpodobnosti přenosu: žádné sekundární infekce nebyly spojeny se 71% případů, jejichž kontakty byly sledovány a testovány. Naopak data prokázují vysokou prevalenci infekce u dětí, které byly v kontaktu s vrstevníky. Zvýšené riziko infekce u jedinců vystavených nakaženým vrstevníkům je ale zjevné i u dospělých. Zavírání škol a jiné nefarmaceutické intervence během studijního období snad mohou přispět ke snížení kontaktu mezi dětmi. Naše analýzy nicméně ukazují, že sociální interakce mezi dětmi i tak vedou k přenosu. Celková úmrtnost u infikovaných jedinců ve zkoumaném souboru byla 2,1%.

Rubriky
• genetika • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Podrobně popsaný případ reinfekce (včetně analýzy genomu) a opakovaného onemocnění COVID19 z USA

Autoři popisují případ reinfekce s těžkým průběhem druhé infekce u 29 letého muže z Nevady, USA. Odstup obou onemocnění byl 48 dní. Druhá infekce byla kmenen SARS-CoV2 s odlišným genomem. Mezi oběma variantami bylo zaznamenáno více než 10 mutací SNVs (single nucleotide variants) a několik dalších odlišností.

Rubriky
• imunitní a hematopoetický systém • plíce • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Závažný průběh pneumonie mají nemocní s autoprotilátkami proti interferonům I

Mezinárodní skupina více než 70 autorů publikovala v časopise Science 24.9.2020 článek o přítomnosti autoprotilátek IgG proti interferonu typu I minimálně u 10 % nemocných, u kterých infekce SARS-CoV2 proběhla formou těžké pneumonie. U 101 z 987 analyzovaných nemocných s život ohrožujícím průběhem COVID19 byly přítomné protilátky proti některému ze tří podtypů interferonu I. typu. Současně tento typ protilátek nebyl prokázán ani u jediného nemocného z 663 jedinců s
asymptomatickým průběhem nebo s mírnou infekce SARS-CoV-2. U zdravých jedinců byly protilátky nalezeny jen u 4 z 1227 vyšetřených.

Jedná se o tzv. fenokopii vrozených poruch imunity v systému interferonů, tedy poruchu, která mimikuje vrozenou, geneticky podmíněnou chybu v produkci interferonů typu I. Neutralizační protilátky proti interferonům mohou vést ke stejnému funkčnímu důsledku, jako když se interferony netvoří na základě genetických mutací (proto označení „fenokopie“). U zkoumané sestavy pacientů s COVID19 pneumonií ve věku 25-87 let mělo neutralizační protilátky proti interferonům 12,5 % vyšetřených mužů a 2,6 % žen. Přítomnost autoprotilátek proti interferonům se nemusí klinicky projevit, dokud se pacient nesetká s určitým typem virové infekce.

Význam interferonů I. typu v obraně proti COVID19 dokladuje i další publikace z časopisu Science, v níž táž skupina autorů identifikovala genetické mutace typu „ztráta funkce genu“ – „loss of function“ v oblasti molekul zodpovědných za produkci interferonů I. typu u 3,5% ze 659 vyšetřených nemocných s těžkou pneumonií, a to autosomálně recesivního či dominantního typu dědičnosti. I tyto vrozené poruchy se mohou za života jedince projevit jen při expozici určitém druhu virových infekcí, např. tedy právě SARS-CoV-2.

Rubriky
• léčba, léky, ostatní • populárně naučné - nerecenzované • pro neodbornou veřejnost • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Interaktivní graf popisující klady a zápory testů protilátek COVID-19 na stránkách British Medical Journal

https://www.bmj.com/content/370/bmj.m3325

Rubriky
• incidence, mortalita, statistické analýzy • karanténa, vakcíny, očkování • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

COVID-19: Odhad rizika

Článek vydaný v Journal of Chemical Health and Safety komplexně shrnuje doposud známá fakta o viru SARS-Cov-2 a onemocnění COVID-19. Srovnává některé vlastnosti viru s jinými viry, jako je například SARS-CoV-1 způsobující onemocnění SARS, MERS-CoV způsobující onemocnění MERS nebo Influenza A, která je původcem chřipky. Věnuje se infekčním dávkám, nakažlivosti onemocnění, schopnosti viru setrvávat v životaschopném stavu v prostředí a smrtností onemocnění. Zabývá se možnostmi eliminace rizika nákazy a testováním. Popisuje také epidemiologickou situaci v USA a porovnává vývoj se situací v jiných státech. Uvádí některé konkrétní zdokumentované případy tzv. superšiřitelů a hromadných přenosů na veřejných akcích.

Některá zajímaví fakta z článku podložená citacemi vědeckých prací jsou uvedena níže:

Vylučování viru do dýchacích cest u nakaženého člověka nastává asi 2,5 dne před vznikem příznaků. Vrcholí 0,6 dne před vznikem příznaků.

Reprodukční číslo (počet lidí, které jeden nemocný nakazí) bylo při epidemii v Číně opraveno na 5,7, zatímco dříve bylo odhadováno jen na 2,2.

Během vzniku a šíření epidemie v Číně nebyla většina případů onemocnění zdokumentována. Za většinu přenosů byli zodpovědní asymptomatičtí nemocní.

Stabilita viru SARS-Cov-1 v prostředí je podobná jako u viru SARS-Cov-2, což značí, že stabilita viru není příčinou rapidního rozvoje pandemie COVID-19 ve srovnání s onemocněním SARS.

V samotném závěru článku autor poukazuje na to, že čas, který jsme od doby vzniku onemocnění jako SARS a MERS měli, jsme efektivně nevyužili k přípravě na další epidemie.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7216769/

Rubriky
• testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Falešné negativní testy na infekci SARS-CoV-2 – Výzvy a důsledky

Autoři v článku v NEJM rozebírají problematiku senzitivity testů na přítomnost viru či zbytků jeho RNA a důsledky při senzitivitě nižší než 100 %.

Rubriky
• karanténa, vakcíny, očkování • pro neodbornou veřejnost • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Přežívání viru ve vzduchu v kapénkách vzniklých při řeči

Článek publikovaný ve Sborníku Národní akademie věd Spojených států amerických se zabývá možností šíření nákazy vzduchem drobnými kapénkami, které vznikají při řeči.

Je prokázáno, že ve slinách jsou částice viru SARS-CoV-2 přítomny i u asymptomatických pacientů. Autoři pomocí laseru v laboratorních podmínkách zjišťovali množství kapének, které při řeči vznikají.

Průměrně docházelo ke vzniku přibližně 1000 kapének za vteřinu. Objem kapének a jejich množství rostl s hlasitostí řeči. Velikost tvořených kapének měla vliv na délku setrvání ve vzduchu a množství virových částic v kapénce. Menší kapénky obsahují sice menší virovou nálož, ale zůstávají ve vzduchu déle. Delší setrvání kapének ve vzduchu umocňuje zmenšení jejich objemu rychlým vypařováním tekutiny z těchto kapének.

Autoři také vypočítávají, jaká virová nálož je přítomna v jedné kapénce. Například v kapénce o velikosti 10 µm před vyschnutím je přítomna jedna virová částice s pravděpodobností 0,37 %, v kapénce o velikosti 50 µm pravděpodobnost přítomnosti jedné virové částice je již vyšší, a to 37 %.

Autoři odhadují, že při řeči vzniká za vteřinu nejméně 1000 kapének obsahujících virové částice, které zůstávají v neproudícím vzduchu při pokojové teplotě a nízké relativní vlhkosti více než 8 minut.

Rozdílem od běžného života je provedení testu v laboratorních podmínkách při absenci proudění vzduchu. Test byl prováděn při nízké relativní vlhkosti vzduchu, která má vliv na zrychlení vysychání kapének, a tím na delší setrvání kapének ve vzduchu. Drobným rozdílem od našich podmínek může být i fakt, že zkoumána byla anglická věta: „Stay healthy.“, kde právě slabika „th“, která v češtině chybí, má produkovat nejvíce kapének.

Zatím není známo, jakou virovou nálož by musel člověk vdechnout, aby virus způsobil onemocnění COVID-19. Podle názoru autorů práce ale představují tyto kapénky významnou cestu přenosu viru SARS-CoV-2. Tento názor nemají zatím vědecky potvrzen.

Práce se nezabývá vlivem používání ústenek na případné snížení virové nálože.

https://www.pnas.org/content/early/2020/05/12/2006874117

Rubriky
• léčba, léky, ostatní • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Přednáška na téma: Laboratorní diagnostika a testování asymptomatické populace

Konference „Co víme a nevíme o COVID aneb Nemoc není politika“ 26.5.2020

Shrnuji základní metody přímého a nepřímého průkazu infekce virem SARS-CoV2. Rozebírám možné příčiny falešné negativity PCR testů a falešné pozitivity i negativity sérologické diagnostiky.