Rubriky
• incidence, mortalita, statistické analýzy • populárně naučné - nerecenzované • portály, deklarace, petice, odborné diskuze

Pět kroků ke zvládnutí epidemie – prohlášení statistiků

  1. Položit rozumné otázky.
  2. Získat relevantní a správná data.
  3. Na jejich základě tvořit matematické, či lépe statistické modely a učinit nějaký úsudek.
  4. Pomocí odhadnutých parametrů vytvořit predikci.
  5. Na základě predikce rozhodnout.

My – matematičtí statistici a biostatistici, datoví analytici, matematičtí modeláři a obecně lidé profesionálně pracující s daty – musíme bohužel konstatovat, že u nás selhal hned druhý krok a žádné další již nemohly rozumně následovat. Téměř rok po začátku epidemie neznáme parametry PCR testů a nejsme si tedy jisti, kolik falešně negativních a falešně pozitivních výsledků lze očekávat. To nám například zcela zatemnilo úsudek stran reinfekcí. 

Politikům tak nezbývá než se rozhodovat na základě dojmů, emocí, pocitů a přání a z plejády více či méně fantastických scénářů pak retrospektivně vybírat ty, které konvenují jejich emocionálním rozhodnutím. 

Tento způsob řešení koronavirové epidemie nás ohrožuje víc než virus samotný.

Celý text je zde

Rubriky
• léčba, léky, ostatní • populárně naučné - nerecenzované • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

O věrohodnosti dat používaných pro sledování epidemie COVID-10 v ČR a pro predikci dalšího vývoje

Na prosincové předvánoční schůzi České statistické společnosti (https://www.statspol.cz/o-nas/) zazněla, kromě jiných (https://www.statspol.cz/konference/mikulassky-den/) i velmi pěkná kritická přednáška Tomáše Fürsta z katedry matematické analýzy a aplikací matematiky Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci a z Centra pro bayesovskou inferenci 4BIN (https://www.4bin.org/). Bayesovská statistika pracuje s podmíněnými pravděpodobnostmi a dovoluje zpřesňovat pravděpodobnost výchozí hypotézy, jak se objevují další relevantní skutečnosti.

Autor ve své přednášce odlehčeným převánočním stylem upozorňuje na stále nedostatečně definované pojmy a kategorie používané při popisu statistických dat sbíraných v průběhu epidemie COVID-19 v ČR. Kromě jiného upozorňuje na problematiku týkající se senzitivity a specificity PCR testů a na mnoho dalších možných zdrojů chyb, které pak následně zpochyňují závěry a rozhodnutí z nich vycházející. Dále upozorňuje na chybějící dostupnost zdrojových dat pro analýzu prováděnou mimo ÚZIS a Ministerstvo zdravotnictví a jiné problematické oblasti hodnocení při hodnocení pandemie.

Autor též uvádí jednotlivá jména vědců spolupracujících s establishmentem, kteří dle jeho názoru bez jasných důkazů vyvozují a v mediích prezentují chybné závěry, které nejsou založené na důkazech („evidence based“) a nejsou podložené věrohodnou statistickou analýzou. Chovají se nezodpovědně nejen tím, že matou veřejnost, ale diskreditují tak celou vědeckou obec.

Rubriky
• incidence, mortalita, statistické analýzy • populárně naučné - nerecenzované • věkové skupiny

Přednáška na téma: Porovnání různých přístupů ke sběru dat o incidenci a prevalenci SARS-CoV-2

Konference „Co víme a nevíme o COVID aneb Nemoc není politika“ 26.5.2020

Přednáška shrnuje možné přístupy ke sběru dat (pasivní a aktivní sběr dat), hodnotí proběhlé studie a diskutuje možný design studií budoucích.

Rubriky
• imunitní a hematopoetický systém • pro neodbornou veřejnost • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

STUDIE KOLEKTIVNÍ IMUNITY NEPOSKYTNE OBJEKTIVNÍ DATA

Právě probíhající „Studie kolektivní imunity SARS-CoV-2“ organizovaná Ministerstvem zdravotnictví není prováděna takovým způsobem, aby poskytla objektivní data o tvorbě protilátek v populaci, natožpak o buněčné imunitě. Zejména její dobrovolnická komponenta neumožňuje žádným způsobem dospět ke spolehlivému odhadu skutečné prevalence protilátek, a to ani v testovaných oblastech. Není ani jasné, jakým způsobem budou propojeny jednotlivé komponenty studie. Na základě této studie není možné přijímat rozumná a zodpovědná opatření. Je nepochopitelné, proč plán studie, způsob sběru dat a jejich zpracování nebyl podroben odborné oponentuře, která by pomohla včas podchytit alespoň některé elementární chyby designu.

Rubriky
• imunitní a hematopoetický systém • incidence, mortalita, statistické analýzy • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)

Jedině longitudinální studie imunity může poskytnou relevantní data

Je nutno ji provést longitudinálně v čase (opakované odběry v časových intervalech) na speciálně vybrané kohortě reprezentující populaci ČR, se zřetelem k oblastem a sociálním skupinám, mezi nimiž se virus SARs-COV2 nejvíce šíří.

Je třeba zajistit průběžný sběr kvalitních dat o výskytu infekce v celé populaci, aby bylo možné sledovat průběh epidemie a včas reagovat na případné změny dynamiky šíření. Navrhujeme proto provedení longitudinální studie na speciálně vybrané kohortě reprezentující populaci ČR, se zvláštním zřetelem k oblastem a sociálním skupinám, mezi nimiž se virus nejvíce šíří. Kohorta by měla být vybrána aktivně, s respektováním zásad provádění populačních výběrů, v rámci celé ČR. Vzorky by měly být sbírány pro všechny členy vybraných domácností nebo pohromadě žijících jednotlivců (domovy seniorů apod.), a to opakovaně v pravidelných intervalech po celou dobu, kdy bude potřeba šíření SARS-CoV-2 sledovat a kontrolovat. Sběr vzorků by měl být mobilní, přímo v domácnostech, pomocí k tomu určených a trénovaných mobilních týmů. Taková studie by dokázala poskytovat spolehlivá a téměř aktuální data dlouhodobě.

Rubriky
• populárně naučné - nerecenzované

Pluralita názorů na COVID19 mezi vědci

Rubriky
• incidence, mortalita, statistické analýzy • léčba, léky, ostatní • pro neodbornou veřejnost

COVID19 a vliv na celkovou mortalitu v evropských zemích

Dlouhodobá data o úmrtnosti ve 24 evropských zemích jsou průběžně zobrazována na dále uvedené webové adrese. Systém monitoringu EuroMOMO je založený na společné metodologii, kdy hlavním principem je srovnání pozorovaného týdenního počtu zemřelých (korigovaném o zpožděně registrované zemřelé), oproti očekávanému počtu (týdenní průměry za posledních cca 5 let – tzv. baseline). Autoři používají grafy znázorňující vývoj tzv. Z skóre v jednotlivých zemí.

Z skóre vyjadřuje násobek standardní odchylky od průměrné mortality v populaci daného státu v období posledních 5 let – tzv. baseline linie. Průměrná mortalita je očištěna od sezónních výkyvů.

Na grafech je velmi zřetelně patrno, jaký vliv má COVID19 na celkovou úmrtnost ve srovnání s chřipkovými epidemiemi předchozích let. V některých zemích je vliv pandemie COVID19 na úmrtnost velmi zřetelně patrný – Anglie, Španělsko, Francie, zatímco v jiných (Německo, Rakousko, Finsko, Maďarsko, Řecko atd.) není křivka vůbec změněna, nebo v posledních týdne klesá úmrtnost pod dlouhodobý průměr.

mortalita v týdnech 1-18 dle států, výkyvy odpovídají zhruba násobkům směrodatné odchylky

Na rozdíl od dat uváděných na https://www.worldometers.info/coronavirus/ se jedná o nezpochybnitelné údaje. U dat worldometers se srovnávají odlišené metodiky započítávání nemocných zemřelých na COVID19 i odlišené přístupy k testování populace v různých státech.

Zatím tato překvapivá fakt nejsou epidemiology neinterpretovaná!! Švédsko je z hlediska odchylky od křivky dlouhodobé mortality srovnatelné se Švýcarskem, resp. je na tom o trochu lépe i když Švýcarsko uzavřelo školy a hranice a Švédsko ne.

Dle počtu zemřelých na milion (viz worldometers) je tom Irsko stejně jako Švédsko. Irsko má zavřené školy od 12. března. Švédsko základní školy nikdy nezavřelo. Mortalita v Irsku ale poslední dva týdny velmi výrazně klesla pod dlouhodobý průměr (cca o 1,5 Z skóre). Naopak v Anglii vystoupala mortalita přes 45-násobek Z skóre a v Severním Irsku, zemi se stejným zdravotnickým systémem, stejnou metodikou výkazů bylo maximální odchylka 8,8 násobek Z skóre a v současnosti je úmrtnost pod dlouhodobým průměrem.

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

https://www.euromomo.eu/graphs-and-maps