Konference „Co víme a nevíme o COVID aneb Nemoc není politika“ 26.5.2020
V autorském tandemu s Jaroslavem Svobodou jsme připravili souhrnný přehled specifické a nespecifické reakce imunitního systému na SARS-CoV2.
Rubrika: • testování (rRT-PCR, IgG, IGM, IgM, T-CD4+, CD8+)
Informace pro laickou i odbornou veřejnost v angličtině. Jsou zde vzory informačních letáků pro nemocné s různými typy chronických onemocnění, pro těhotné ženy atd. .. V části Disease background je podrobně popsán vlastní virus, odkazy na mapu jeho genomu, jeho sezónní šíření, typy onemocnění u různých věkových a rizikových skupin nemocných.
V renomovaném časopise Cells uveřejnili američtí autoři z Kalifornie, Severní Karolíny a Sinai Hospital z New Yorku článek o reakcích lidských T lymfocytů na SARS-CoV2 . V článku popisují metodiku kvantifikace množství virově specifických CD4 + a CD8 + T lymfcoytů. To poskytne poznatky o imunitě a patogenezi infekce SARS-CoV-2 pomůže navrhnout a vyhodnotit účinnost různých vakcín. Odhady imunity jsou také zásadní pro epidemiologickou kalibraci modelu budoucích sociálních distancujících opatření pro kontrolu pandemie. Modely se dramaticky liší v závislosti na tom, zda infekce SARS-CoV-2 vytváří samostatnou specifickou imunitu či zda existuje nějaká zkřížená imunita mezi SARS-CoV-2 a cirkulujícími sezónními „běžnými studenými“ lidskými koronaviry. Jedná se o 4 kmeny: HCoV-OC43, HCoV-HKU1, HCoV-NL63, a HCoV-229E.
Autoři podrobně vyšetřili 20 dospělých dobrovolníků, kteří se uzdravili po mírném průběhu COVID19, který nevyžadoval hospitalizaci.
Reakce CD4+ T lymfocytů na antigeny SARS-CoV-2: V vyšetřované sestavě byla jasná hierarchizace. Většina CD4+ T lymfocytů reagovala proti těmto antigenům: ORFs spike – 27%, M-21% a N-11% epitopům. Další CD4+ T lymfocyty, specifické pro SARS-CoV-2 reagovala na antigeny nsp3-5%, nsp4-5% a ORF8-5%. Procenta udávají relativní počet CD4+T lymfocytů reagujících na daný antigeny ze všech CD4+T lymfocytů reagujících na antigeny SARS-CoV-2. V průměru tedy 50% CD4+ T lymfocytů reagovalo na spike protein a 50% zbylé antigeny SARS-CoV-2 ORFeomu (open reading frames).
Reakce CD8+ T lymfocytů na antigeny SARS-CoV-2 byla na antigeny na výběžcích (spikes) z 26% a N protein – 12%. Významná reaktivita u 19 zkoumaných subjektů byla proti dalším antigenům: M (22%), nsp6 (15%), ORF8 (10%) a ORF3a (7%).
Autoři potvrdili též korelaci mezi titrem protilátek IgG, IgM a IgA a specifickou buněčnou odpovědí T lymfocytů CD4+ a CD8+. Čím vyšší byl titr protilátek tím lepší byla buněčná odpověď.
Autoři také detekovali T lymfocyty zkříženě reagující s non-spike antigeny SARS-CoV-2 až u 50% zdravých jedinců, kteří neprodělali COVID-19. Toto zjištění podporuje ideu, že v lidské populaci existuje potenciál paměťové buněčné imunity díky expozici běžným tzv. studeným koronavirům.
Studie hongkongských autorů zkoumala schopnost viru SARS-CoV-2 přežít v různých podmínkách. Zkoumán byl vliv teploty prostředí a vliv materiálu, na který byly virové částice naneseny.
Virus přežívá velmi dlouho v nízkých teplotách. Například při teplotě 4 °C byla prokázána přítomnost životaschopných virových částic ve tkáňové kultuře i za 14 dní od aplikace. Naopak při vyšších teplotách dochází relativně rychle k inaktivaci viru. Při teplotě 56 °C došlo k inaktivaci viru za 30 minut a při teplotě 70 °C již za 5 minut.
Při studiu vlivu materiálu na délku „přežití“ viru při pokojové teplotě bylo zjištěno, že virus „přežívá“ velmi dlouho na zevním i vnitřním povrchu chirurgické masky (více než 7 dní). Životaschopné částice viru na nerezové oceli a plastech nebyly zjištěny po 7 dnech, na skle a bankovkách po 4 dnech, na opracovaném dřevě a na textilu nebyly prokázány po 2 dnech. Nejkratší doba existence životaschopného viru byla zaznamenána na papíru do tiskárny a papírových kapesnících (3 hodiny).
Zdá se, že materiály s hladkým povrchem svědčí viru lépe. Důležitý rozdíl od běžných podmínek je ten, že byla zkoumána jedna kapénka o velikosti 5 µl (0,005 ml), ale infekční nálož při mezilidském kontaktu může být výrazně vyšší. Dalším, tentokrát pozitivním rozdílem od běžného života je ten, že pouhá detekce životaschopného viru v laboratorních podmínkách ještě nutně neznamená, že materiál musí nést potenciál nakazit člověka.
https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(20)30003-3/fulltext
Zánět nosohltanu je nejčastější formou infekce, která vzniká u zdravých osob, které byly exponovány relativně malému množství viru. Je možné si představit, že v těchto případech se vdechnuté viriony vychytají již na úrovni horních dýchacích cest. Replikace viru v této oblasti vyvolá tvorbu α-interferonu, aktivaci NK buněk a případně i dalších nespecifických antivirových mechanismů, což stačí pro krátkodobou ochranu dolních dýchacích cest a plic. Specifická imunita nemusí být angažována vůbec nebo se omezí na tvorbu slizničních protilátek (IgA).
Infekce proběhne buď zcela bezpříznakově nebo s minimálními klinickými projevy, nerozeznatelnými od banálního nachlazení (common cold). Z příznaků charakteristických pro tento typ onemocnění lze jmenovat mírně zvýšenou teplotu, rýmu, pocit ucpaného nosu, zaujatost hlavy, poruchy čichu (anosmii) a rovněž poruchy chuti (dysgeusii). Infekce tohoto typu se šíří především kontaktním způsobem, prostřednictvím kontaminovaných předmětů (kapesníky) a rukou. Při užším styku je samozřejmě významný i přenos slinami. K šíření vzdušnou cestou dochází vzácněji, zejména při kýchnutí, a dále při křiku, zpěvu nebo u lidí, kteří mají tendenci při řeči prskat.
Přehledný článek o principech, variantách a modifikacích publikovaných anglickými autory 24. dubna v časopise Int. J. Mol. Sci. Autoři popisují jednotlivé části testu, reagencie, trvání testu, jeho sensibilitu a spolehlivost.
Na této stránce si můžeme sami vytvořit interaktivní grafy dle různých parametrů a pro různé země ve zvoleném období per capita nebo celková čísla a vždy aktualizované.
Autoři shrnují výsledku analýzy diverzity virových genomů u 7666 infikovaných. Popsali 198 nezávislých mutací genomu viru SARS-CoV-2. Více než 15 mutací na region proběhlo na třech místech v Orf1ab regionu, která kóduje Nsp6, Nsp11, Nsp13 a v jednom místě u Spike proteinu.
Zjištěné opakující se mutace naznačují pokračující adaptaci SARS-CoV-2 na jeho nového lidského hostitele.
Monitorování nárůstu a vzorců genetické rozmanitosti v SARS-CoV-2 upřesnuje možné cíle pro vývoj léčiv a vakcín.
Právě probíhající „Studie kolektivní imunity SARS-CoV-2“ organizovaná Ministerstvem zdravotnictví není prováděna takovým způsobem, aby poskytla objektivní data o tvorbě protilátek v populaci, natožpak o buněčné imunitě. Zejména její dobrovolnická komponenta neumožňuje žádným způsobem dospět ke spolehlivému odhadu skutečné prevalence protilátek, a to ani v testovaných oblastech. Není ani jasné, jakým způsobem budou propojeny jednotlivé komponenty studie. Na základě této studie není možné přijímat rozumná a zodpovědná opatření. Je nepochopitelné, proč plán studie, způsob sběru dat a jejich zpracování nebyl podroben odborné oponentuře, která by pomohla včas podchytit alespoň některé elementární chyby designu.
Je nutno ji provést longitudinálně v čase (opakované odběry v časových intervalech) na speciálně vybrané kohortě reprezentující populaci ČR, se zřetelem k oblastem a sociálním skupinám, mezi nimiž se virus SARs-COV2 nejvíce šíří.
Je třeba zajistit průběžný sběr kvalitních dat o výskytu infekce v celé populaci, aby bylo možné sledovat průběh epidemie a včas reagovat na případné změny dynamiky šíření. Navrhujeme proto provedení longitudinální studie na speciálně vybrané kohortě reprezentující populaci ČR, se zvláštním zřetelem k oblastem a sociálním skupinám, mezi nimiž se virus nejvíce šíří. Kohorta by měla být vybrána aktivně, s respektováním zásad provádění populačních výběrů, v rámci celé ČR. Vzorky by měly být sbírány pro všechny členy vybraných domácností nebo pohromadě žijících jednotlivců (domovy seniorů apod.), a to opakovaně v pravidelných intervalech po celou dobu, kdy bude potřeba šíření SARS-CoV-2 sledovat a kontrolovat. Sběr vzorků by měl být mobilní, přímo v domácnostech, pomocí k tomu určených a trénovaných mobilních týmů. Taková studie by dokázala poskytovat spolehlivá a téměř aktuální data dlouhodobě.